Karol Kozioł

Czy forkowanie repozytoriów openSUSE ma sens?

2012-01-08T15:52:00.000+01:00

Zainstalowałem sobie ostatnio program wxMaxima (graficzna nakładka na Maksimę) z repozytorium science/openSUSE_11.4 (w wersji 11.08.0). Z instalacji byłem niezadowolony, gdyż program nie chciał połączyć się z Maximą. Znaczy się - brak korzyści. Odinstalowałem; zainstalowałem wxMaximę z repozytorium Education/openSUSE_11.4 (również w wersji 11.08.0) i niespodzianka - działa!

Teraz pytanie za 100 pkt. - po co dublować (czy też forkować, zwał jak zwał) repozytoria dla openSUSE? Dlaczego jeden pakiet znajduje się w wielu repozytoriach, często w niewiele różniących się wersjach?
Przykłady bałaganu w repozytoriach? Proszę bardzo (wszystkie przykłady zawierają repozytoria dla openSUSE 11.4, czyli aktualnie przeze mnie używanej wersji systemu; przeszukiwanie dokonano przy użyciu strony software.opensuse.org/search):

Przykład 1 - pakiet MozillaFirefox: w repozytorium openSUSE:11.4:Update/standard znajdują się wersje 4.0.0, 4.0.1, 5.0.0, 6.0.2, 7.0.1 i 8.0.0; w repozytorium openSUSE:11.4/standard - wersja 4.0b12; w repozytorium mozilla/openSUSE_11.4 - wersje 3.6.25, 8.0.2 i 9.0.1; mozilla:legacy/openSUSE_11.4 - wersje 3.5.19, 4.0.1 i 5.0.1; nie mówiąc już o repozytoriach mozilla:beta/openSUSE_11.4 i mozilla:alpha/openSUSE_11.4 gdzie znajduje się prawie ta sama wersja pakietu (9.99.12.1 vs 9.99.9.1).

Przykład 2 - pakiet Chromium: w repozytorium openSUSE:11.4:Contrib/standard znajduje się wersja 18.0.975 zaś w repozytorium network:chromium/openSUSE_11.4 - wersja 18.0.992; którą lepiej wybrać do zainstalowania via Instalacja 1-Click?

Przykład 3 - pakiet Dolphin: mamy wersję 4.6.0 w repozytorium openSUSE:11.4/standard; prawie to samo (różnice pojawiają się dopiero w czwartej liczbie numerku wersji) znajduje się w repozytorium openSUSE:11.4:Update/standard; dalej mamy lekko różniącą się wersję 4.7.4 w repozytoriach KDE:Release:47/openSUSE_11.4 i KDE:Distro:Factory/openSUSE_11.4, wersję 4.7.2 w repozytorium KDE:Distro:Stable/openSUSE_11.4 (mimo, że najnowsza stabilna wersja środowiska KDE to 4.7.4), lekko różniącą się wersję 4.6.5 w repozytoriach KDE:Release:46/openSUSE_11.4 i spins:open-pc:kde/openSUSE_11.4; oraz na koniec 4.9.97 w repozytorium KDE:Unstable:SC/openSUSE_11.4 (przynajmniej te repozytorium jest wprost oznaczone jako niestabilne...).

Dlaczego openSUSE nie mogłoby pójść drogą Gentoo, gdzie pakiety, zorganizowane w odpowiednie kategorie, są oznaczone po prostu jako stabilne/niestabilne w centralnym repozytorium. Czy w openSUSE muszę dodawać do YaSTa dwadzieścia różnych repozytoriów aby mieć to co chciałbym? I jeszcze liczyć, że dodałem dobre repozytoria?

Numeracja przeglądarek WWW - zmiany na przestrzeni lat

2011-12-21T23:50:00.000+01:00

Z ciekawości zrobiłem wykres obrazujący jak zmieniała się numeracja 5 wiodących przeglądarek WWW (Internet Explorera, Opery, Mozilli Firefox, Google Chrome i Safari) na przestrzeni lat.

Jak można zauważyć, najbardziej łasy na numerki jest Google ze swoją przeglądarką :-) Chociaż Mozilla z Firefoksem ostatnio starają się mu dorównać :-)

Zamiana wzorów LaTeX-a na obrazki: KLatexFormula i EqualX

2011-12-19T21:18:00.000+01:00

Jakiś czas temu pisałem o programach Ekee i Laeqed, służących do eksportu wzorów zapisanych w notacji LaTeX-owej do postaci plików graficznych. Dzisiaj chciałbym wspomnieć o dwóch kolejnych programach tego typu. Są to KLatexFormula oraz EqualX.

KLatexFormula

Umożliwia eksport do formatów PNG, JPG, PDF, BMP, EPS, TIFF (oraz rzadziej używanych: BW, PCX, RGB, RGBA, SGI, TGA, PIC, ICO, JP2, XPM, XBM, XV). Pewnym mankamentem programu jest konieczność definiowania dodatkowych pakietów w preambule (np. wielce przydatnego pakietu amsmath).

KLatexFormula

Strona domowa programu: http://klatexformula.sourceforge.net/

EqualX

Umożliwia eksport do formatów DVI, PS, PDF, PNG, GIF, a także do kodu TeX (hmm, po co?) i ROOT. Ciekawostką jest, że EqualX umożliwia proste kolorowanie wzorów.

EqualX

Strona domowa programu: http://equalx.sourceforge.net/

Podgląd dokumentu w rozwojowej wersji Kile

2011-12-12T12:13:00.003+01:00

Kile jest moim ulubionym edytorem (a raczej zintegrowanym środowiskiem edycyjnym) LaTeX-a. Ostatnio^* ptaszki świergotają, że przyszła wersja Kile będzie posiadać podgląd edytowanego dokumentu "na żywo".Szczegóły można znaleźć tutaj.

Z obowiązku kronikarskiego warto wspomnieć, ze tryb podglądu edytowanego dokumentu LaTeX-owego miał już 3 lata temu edytor DeSiGLE. Nie był on jednak nigdy zbyt popularnym programem (i nie jest rozwijany od 2 lat).

^* W sumie trochę dawniej niż ostatnio (zob. np. tutaj), ale trochę się przespało...

Google-Doodle ku czci Stanisława Lema

2011-11-23T12:48:00.001+01:00

Dzisiaj Google przeszło samych siebie, pokazując okolicznościowe logo (tzw. doodle), będące uhonorowaniem naszego wielkiego pisarza sci-fi Stanisława Lema. Logo w rzeczywistości jest interaktywną, animowaną grą, z licznymi odniesieniami fabularnymi do Cyberiady i Bajek Robotów (aby nie psuć zabawy wielbicielom Lema nie będę ujawniał zakończenia). Natomiast charakterystyczna strona wizualna animacji inspirowana jest rysunkami Daniela Mroza, którego ilustracje ozdabiały wiele wydań książek Lema.

Więcej o logu-grze ku chwale polskiego mistrza sci-fi można poczytać na oficjalnym blogu Google Polska.

Rozszerzenie 'Download Assistant' dla Google Chrome

2011-11-13T13:37:00.001+01:00

Ci którzy narzekają, że przeglądarka Google Chrome nie ma "normalnego" menedżera pobierania plików, mogą już przestać narzekać (przynajmniej częściowo). Rozszerzenie Download Assistant pozwala zintegrować Google Chrome z wybranym menedżera pobierania plików (ja wybrałem KGet).

Aktualizacja: Obecnie rozszerzenie nie jest rozwijane i zniknęło z Google WebStore. Strona projektu to code.google.com/p/chrome-download-assistant/.

Przeglądarkowe testy HTML5

2011-11-13T12:45:00.001+01:00

Zrobiłem sobie szybkie testy HTML5 dla kilku posiadanych przeze mnie przeglądarek WWW i wyniki przedstawiają się następująco (podano także numer wersji przeglądarki oraz nazwę silnika renderowania stron internetowych):

Nazwa	Wersja	Silnik	Wynik testu
Chrome	15.0	Webkit	342 pkt. + 13 pkt. bonusowych
Rekonq	0.8	Webkit	293 pkt. + 14 pkt. bonusowych
Konqueror	4.7.3	Webkit	288 pkt. + 14 pkt. bonusowych
Opera	11.52	Presto	286 pkt. + 7 pkt. bonusowych
Opera Next	12.0 (beta)	Presto	336 pkt. + 9 pkt. bonusowych
Firefox	8.0	Gecko	314 pkt. + 9 pkt. bonusowych

Wnioski: Różnice pomiędzy przeglądarkami nie są bardzo duże - są o wiele mniejsze niż w czasach gdy królował testy Acid2 i Acid3. Możliwości przeglądarek zbliżyły się do siebie. Dodatkowo większość przeglądarek (Firefox, Opera, Rekonq, Chrome) kieruje się w stronę minimalizacji interfejsu - trendu zapoczątkowanego przez Google Chrome - więc i pod tym względem upodobniają się do siebie. Ostatnie chyba najgorętszym "frontem walk" jest kwestia, która przeglądarka ma więcej, i lepszej jakości, rozszerzeń. Trzy najpopularniejsze linuksowe przeglądarki - Firefox, Google Chrome i Opera - posiadają mniejszą lub większą bazę rozszerzeń, deweloperzy czwartej - Rekonq - już pracują nad dodaniem możliwości instalowania rozszerzeń do tej przeglądarki. Myślę, że w najbliższym czasie o tym, która z przeglądarek będzie najczęściej wybierana przez użytkowników, będą decydowały drobne szczegóły ułatwiające korzystanie z przeglądarki (i tutaj na starcie najwięcej plusów ma chyba Opera) oraz, oczywiście, marketing (a tutaj najsilniejszy jest Google ze swoim Chrome).

3 ciekawe aplikacje, cz. 1

2011-06-26T14:51:00.003+02:00

Co jakiś czas mam ochotę potestować nowe, ciekawe aplikacje linuksowe - w niektórych przypadkach po pewnym czasie zapominam jak się nazywają...

Z drugiej zaś strony, niektóre programy warto polecić - co też niniejszym zamierzam czynić. Wpis, a raczej przewidywana seria wpisów, jest zainspirowany podobnymi wpisami na blogu Hadreta - skoro on może to i ja także.

WatchVideo

Program który pozwala oglądać i ściągać filmy z YouTube i serwisów "youtubopodobnych". Umożliwia także konwersję ściągniętego pliku FLV do formatu OGG. Ciekawą funkcją jest wyłapywanie przez program linków do różnej maści filmików z otwartych kart przeglądarek Firefox i Chrome.

Program można ściągnąć stąd lub stąd.

UMPlayer

Kolejny graficzny interfejs dla MPlayera - silnie wzorowany na SMPlayerze. Aplikacja umożliwia także wyszukiwanie i oglądanie filmików z YouTube i SHOUTcast bezpośrednio w oknie programu.

Strona domowa programu: http://www.umplayer.com/

Twindy

Ciekawy menedżer okien - chociaż mi niezbyt pasuje. Oparty jest na modelu, hmm, panelowo-zakładkowym. Lewą stronę ekranu zajmuje panel z przyciskami uruchamiającymi aplikacje oraz z paskiem zadań przypominającym zakładki, zaś prawa jest podzielona na dwie części: "okno górne" - zazwyczaj zajęte przez aktualnie działającą aplikację, oraz "okno dolne" - przeznaczone zazwyczaj na konsolę.

Strona domowa programu to http://www.niallmoody.com/twindy/, ale ostatnio nie była dostępna. Po zrzuty ekranu (bo nie chciało mi się robić własnych) odsyłam zatem pod adres http://www.gilesorr.com/wm/notes/twindy.html.

Opisy w/w aplikacji może nie są wyczerpujące (ja nie byłem wyczerpany pisząc je), ale myślę, że dla niektórych będą zachętą do przetestowania kilku nowości.

Kile 2.1 wydane

2011-06-19T11:56:00.000+02:00

10 czerwca Kile 2.1 zostało wydane w wersji finalnej. Kile jest zintegrowanym środowiskiem LaTeXa (tj. edytorem z graficzną obsługą poleceń kompilacji i konwersji), dedykowanym KDE.

Program można ściągnąć ze strony http://kile.sourceforge.net/ lub zainstalować opierając się na repozytoriach swojej dystrybucji.

Tworzenie wykresów naukowych za pomocą GLE, cz. 2

2011-04-13T13:33:00.002+02:00

Czas na błędy

Załóżmy, że mamy dane eksperymentalne zapisane w pliku daneexp.dat w ten sposób, że pierwsza kolumna odpowiada „x-om'', druga kolumna wartościom zmierzomym czyli „y-om'', zaś w trzeciej kolumnie znajdują się wartości błędów eksperymentalnych. Stwórzmy więc kod wykresu


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0 max 3 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 6 dticks 1 hei .5
data daneexp.dat d1=c1,c2 d2=c1,c3
d1 marker square msize 0.3 color blue err d2
end graph

który po skompilowaniu będzie wyglądał tak:

Rysunek 5. Wykres z błędami eksperymentalnymi.

Jak widać w kodzie zdefiniowaliśmy dwie serie danych: serię d1 oraz serię d2. Następnie wykreślamy serię d1 w postaci punktów oznaczonych kwadratami, zaś serię d2 uznajemy za wartości błędów i dołączamy do serii d1 za pomocą polecenia err. Dostaliśmy więc wykres wraz ze słupkami błędów. Możliwe jest także definiowanie oddzielnie słupków błędów górnych i dolnych. Służą do tego polecenia, odpowiednio, errup oraz errdown. Możliwe jest także zdefiniowanie błędów eksperymentalnych jako wielkości stałej lub proporcjonalnej do wielkości zmierzonej. W pierwszyp przypadku zapisujemy to tak:


d1 marker wsquare err 0.5

co oznacza, że wilkość błędu zawsze będzie wynosić 0.5, zaś w drugim przypadku np. tak:


d1 marker wcircle errup 15% errdown 20%

co oznacza, że wielkość błędu górnego wynosi 15% wartości zmierzonej, zaś wielkość błędu dolnego wynosi 20% wartości zmierzonej.
Istnieje także polecenie herr które pozwala pokazać poziome słupki błędów (oraz analogiczne polecenia herrup i herrdown).

Więcej o poleceniu `key`

Dotychczas używaliśmy polecenia key w dość trywialny sposób - gdy GLE pobierał dane do opisu serii danych z pliku. Polecenie key ma jednak wiele więcej możliwości. Poprawmy więc nasz kod


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
key pos tl compact nobox hei .4 offset 0.5 0.5
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0 max 3 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 6 dticks 1 hei .5
data daneexp.dat d1=c1,c2 d2=c1,c3 d3=c1,c4 d4=c1,c5
d1 marker square msize 0.3 color blue err d2
d3 marker square msize 0.3 color red err d4
d1 key "To są dane eksperymentalne nr 1"
d3 key "To są dane eksperymentalne nr 2"
end graph

który po skompilowaniu będzie wyglądał tak:

Rysunek 6. Wykres z błędami eksperymentalnymi - wersja poprawiona.

W linii piątej dodaliśmy za pomocą komendy key polecenie utworzenia legendy. Dodaliśmy także drugą serię danych (z błędami). Natomiast w liniach trzynastej i czternastej zdefiniowaliśmy wprost opis naszych serii danych w legendzie wykresu.

W przypadku bardziej skomplikowanych podpisów można używać modułu key oddzielnie, a nie wewnątrz modułu graph. Na przykład z powyższego przykładu usuńmy linie: 5, 13 i 14, zaś moduł key zdefiniujmy oddzielnie:


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0 max 3 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 6 dticks 1 hei .5
data daneexp.dat d1=c1,c2 d2=c1,c3 d3=c1,c4 d4=c1,c5
d1 marker square msize 0.3 color blue err d2
d3 marker square msize 0.3 color red err d4
end graph

begin key
pos tl offset 0.5 0.5 nobox compact hei 0.4
text "Dane eksperymentalne"
marker square msize 0.3 color blue text "Seria nr 1"
text "(Eksperyment nr 1 z dnia 01.01.2009)"
marker square msize 0.3 color red text "Seria nr 2"
text "(Dane z pracy [1])"
end key

Po skompilowaniu powinniśmy otrzymać coś takiego:

Rysunek 7. Wykres z błędami eksperymentalnymi - wersja ostatnia.

Polecenie `let`

Polecenie let umożliwia nam ustawienie wartości danej serii w postaci funkcji analitycznej. Ogólna postać tego polecenia to:


let dx = wyrażenie from kres_dolny to kres_górny step krok

przy czym parametry from, to oraz step są opcjonalne. Na przykład


let d1 = sin(x) from 0.0 to 10.0 step 0.1

zapełnia nam serię danych d1 wartościami six(x) dla x od 0 do 10 zmieniającymi się co 0.1. Oczywiście tak stworzoną serię danych mozemy zamieścić na wykresie. Polecenie let przydaje się gdy nasze dane eksperymentalne chcemy porównać z jakąś prostą funkcją analityczną.

Manipulacja danymi - `manip`

Spójrzmy na następujący przykład:


size 20 12
set hei .8
set font texcmr
begin graph
xtitle "Energy [eV]"
ytitle "Intensity (arbitrary scale)"
xaxis min 6640 max 6690 dticks 10 hei .5  
yaxis min 0 max 1.1 dticks 0.2 hei .5
data fe.s d1=c1,c2
data fe.sx d2=c1,c2
d1 impulses color blue
d2 line color red
end graph
amove 12 7
text Fe K\alpha_1_,_2

Po skompilowaniu otrzymamy wykres taki jak na Rys. 8. Rysunek zawiera wykres słupkowy oraz wykres zobrazowany linią ciągłą. Wszystko byłoby dobrze, gdyby niebieskie słupki nie wychodziły poza czerwoną linię - gdyż nie jest to zbyt eleganckie. Możemy temu zaradzić używajac dołączonego do GLE programu manip.

Rysunek 8. Wykres widma.

Wpisujemy zatem w powłoce systemowej polecenie:


manip fe.s

(z niewadomych dla mnie powodów manip na problem z wczytywaniem plików z wielkimi literami w nazwie). Powinniśmy ujrzeć widok, jak na Rys. 9.

Rysunek 9. Program manip w akcji.

Program manip, zgodnie z nazwą, służy do manipulacji danymi. W naszym przypadku użyjemy go, aby zmniejszyć wartości znajdujące się w drugiej kolumnie pliku fe.s do połowy swojej wartości. Będąc już w manip-ie wpisujemy


c2=c2*0.5

co oczywiście zamieni nam wartości drugiej kolumny pliku na te same wartości, ale pomnożone przez 0.5. Po następnym skompilowaniu naszego obrazka w GLE powinniśmy otrzymać wykres taki jak na Rys. 10.

Rysunek 10. Poprawiony wykres widma.

Według mnie wykres wygląda teraz estetyczniej. Oczywiście nie musimy nadpisywać drugiej kolumny pliku fe.s - z doświadczenia wiem, że często warto zachowywać orginalne dane. Będąc w manip-ie mozemy zatem wydać polecenie


c4=c2*0.5

co wypełni nam kolumnę czwartą (to nic, że wcześniej jej nie było) wartościami z drugiej kolumny pomnożonymi przez 0.5. Wystarczy teraz tylko w pliku .gle zamienić linię kodu


data fe.s d1=c1,c2

na linię


data fe.s d1=c1,c4

i po skompilowaniu znów zobaczymy wykres taki jak na Rys. 10.

Oczywiście program manip potrafi o wiele więcej (kopiowanie, przenoszenie, sortowanie, usuwanie, generowanie i sumowanie danych w kolumnach), ale nie o nim miałem się w tym artykule rozpisywać.

Słowo na zakończenie

GLE jest potężnym programem, a to co opisałem w niniejszym artykule stanowi tylko ułamej jego możliwości. Wiele ciekawych efektów, takich jak wiele obszarów wykresy na jednym obrazku czy też obszar wykresu w obszarze wykresu, da się osiągnąc za pomocą poleceń amove i rmove. GLE dobrze też sobie radzi z wykresami trójwymiarowymi, ale to już jest temat na oddzielny artykuł.

Mam natomiast nadzieję, że ten artykuł przybliżył trochę program GLE - oczywiście tym którzy do tej pory go nie znali.

Odnośniki

http:glx.sourceforge.net/ - Strona główna projektu. Tamże można także znaleść podręcznik użytkownika (a nawet dwa)

Tworzenie wykresów naukowych za pomocą GLE, cz. 1

2011-04-02T21:00:00.002+02:00

Poniższy artykuł, mojego autorstwa, został po raz pierwszy opublikowany w 34 numerze czasopisma Dragonia Magazine. Ponieważ jest trochę długi, a dłuższe teksty internetowe ciężko się czyta, postanowiłem podzielić go na dwie części.

Czym jest GLE?

W ogólności - GLE (czyli Graphics Layout Engine) jest kompilowanym językiem skryptowym stworzonym do tworzenia wykresów i diagramów naukowych (lub też innych). Językiem kompilowanym, to znaczy że, tak jak np. w przypadku LaTeX-a, najpierw należy zakodować treść w pliku tekstowym z rozszerzeniem .gle, a następnie skompilować kod poleceniem


gle plik.gle

Jak na porządny program przystało, GLE posiada całe multum opcji (a zdecydowanej większości z nich oczywiścię nie opiszę). Jeśli chodzi o wykresy, to GLE potrafi tworzyć wykresy punktowe, liniowe, histogramy, wykresy konturowe i przestrzenne powierzchniowe, i tak dalej...
Stworzone wykresy możemy zapisać w formatach EPS (domyślnie), PS, JPEG, PNG oraz PDF.

Pierwszy wykres

Tyle tytułem wstępu. Przejdźmy do najważniejszego - czyli do tego jak zakodować nasz plik .gle, tak by otrzymać wykres. Oczywiście, aby stworzyć wykres potrzebujemy danych. Plik z danymi może na przykład wyglądać tak:


6687.220 9.76504397272977E-08 9.78813649595311E-08
6687.281 1.90105065780758E-10 1.87775675304024E-10
6688.185 5.57398934056191E-08 5.55462375296084E-08
6689.069 1.59020880677475E-09 1.59451932220722E-09

albo tak:


x   x^2   x^3   x^4
1    1     1     1
2    4     8     16
3    9     27    81

Jak widzimy, w tym drugim przypadku pierwszy wiersz pliku z danymi zawiera opisy (etykiety) danych w poszczególnych kolumnach. Jak zmyślny czytelnik zauważy, zapisałem etykiety w notacji a'la LaTeX-owej, tyle że bez znaku dolara. Napisałem tak, ponieważ GLE potrafi wyciągać etykiety z pliku z danymi i zamieszczać je na wykresie. Zapiszmy zatem dane podane w drugim przykładzie jako test.dat oraz stwórzmy plik test.gle o następującej treści:


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
key pos tl
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0 max 4 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 10 dticks 2 hei .5
data test.dat d1=c1,c2
d1 line marker square color blue
end graph

i skompilujmy go poleceniem


gle test.gle

Stworzy się nam plik test.eps który będzie wyglądał mniej więcej tak:

Rysunek 1. Pierwsza wersja naszego wykresu.

Dobrze, mamy już obrazek, więc wypadałoby omówić poszczególne linie kodu. W pierwszej linii kodu zdefiniowaliśmy rozmiar obrazka (w centymetrach). I o ile dla grafiki wektorowej, czyli formatów EPS, PS i PDF, nie ma to większego znaczenia (bo są skalowalne bez utraty jakości), to dla formatów takich jak JPG i PNG już ma. Niekiedy trzeba więc zwiększyć rozdzielczość obrazka (co innego bowiem przyszykować wykres który będzie osadzony w publikacji na stronie A4, a co innego gdy będzie osadzony w plakacie o rozmiarze A0). Aby stworzyć obrazek w formacie PNG należy po prostu skompilować nasz plik test.gle z opcją -d, np.


gle -d png test.gle

Oczywiście zamiast PNG możemy używać także innych dozwolonych formatów. Możemy także nie zapisywać naszego obrazka do pliku, ale tylko podejrzeć go w oddzielnym oknie (GLE zachowuje się wtedy tak jak Gnuplot), używając opcji -d x11. Aby zmienić rozdzielczość tworzonego obrazka w formacie PNG lub JPG należy użyć opcji -r, np.


gle -d png -r 200 test.gle

W drugiej linii kodu ustaliliśmy domyślną wielkość czcionki na 0.8 (domyślną, bo dla każdego elementu wykresu można ustawić także wielkość czcionki). W linii trzeciej -- ustaliliśmy rodzaj czcionki. Texcmr, czyli Computer Modern Roman, to dość ,,normalna'' czcionka. Pełną listę dostępnych czcionek można znaleźć w Podręczniku Użytkownika GLE, dostępnym na stronie http://glx.sourceforge.net/.

Linie od czwartej do dwunastej to definicja naszego wykresu. Z czego, najważniejsze są linie dziesiąta i jedenasta, zaś linie czwarta i dwunasta to, jak można prosto zauważyć, polecenia otwierające i zamykające grupę kodu (w naszym wypadku jest to wykres). W linii piątej zdefiniowaliśmy połozenie legendy do naszego wykresu (polecenie key) na lewy, górny róg wykresu (polecenie pos tl). Oczywiście oprócz tl, czyli top left, możliwe są też położenia legendy w prawym, górnym rogu (polecenie tr), lewym, dolnym rogu (bl) oraz prawym, dolnym rogu (br) wykresu. Jak widzimy, opis naszych danych w legendzie został pobrany z pierwszego wiersza pliku z danymi. Linie szósta i siódma ustawiają nam opisy osi X i Y. Linie ósma i dziewiąta określają opcje osi X i Y takie jak: zakres osi (przez podanie wartośi minimalnej i maksymalnej), częstotliwość pojawiania się znaków podziałki na osi (np. dticks 2 oznacza, że duży znak podziałki będzie pojawiał się co dwie jednostki; możemy także używać opcji dsubticks aby ustawić częstotliwość pojawiania się małych znaków podziałki) oraz wielkość czcionki przy opisach osi (opcja hei).

Jak napisałem wcześniej, najważniejsze są linie dziesiąta i jedenasta. W linii dziesiatej definujemy plik z którego będą czerpane dane do naszego wykresu. W naszym przypadku jest to plik test.dat. Natomiast zapis d1=c1,c2 oznacza, że zdefiniowaliśmy pierwszą serię danych (oznaczoną d1) tak, że wartościami ,,x-ów'' będą dane z pierwszej kolumny (stąd c1) pliku test.dat, zaś wartościami ,,y-ów'' będą dane z drugiej kolumny pliku test.dat (stąd c2). Następnie, w linii jedenastej naszego kodu, określamy sposób rysowania wykresu. Tak więc seria danych d1 będzie zwizualizowana za pomocą linii (stąd line) oraz znaków kwadratu (stąd marker square), zaś wszystko będzie miało kolor niebieski (stąd color blue). Jeśli chodzi o rodzaje znaków oznaczajacych punkty na wykresie oraz dostępną paletę kolorów to wyszczególnienie podane jest w Podręczniku Użytkownika GLE. Dodam tylko, że najbardziej popularne symbole punktów to circle (okrąg), square (kwadrat), triangle (trójkąt), diamond (romb), oraz ich wypełnione odpowiedniki: fcircle, fsquare, ftriangle i fdiamond; a także dot (po prostu kropka) oraz cross (krzyżyk).

Poprawianie wykresu

Jeśli jednak spojrzymy na nasz wykres na Rys.1, to widzimy sporo mankamentów. Po pierwsze, kwadraty na wykresie są za duże; chcielibyśmy także mieć linię łączącą punkty wygładzona a nie kanciastą. Po drugie, legenda naszego wykresu nie jest zbyt estetyczna: znak kwadratu oraz znak linii występują obok siebie, a nie łacznie, czcionka w legendzie jest zbyt duża; przydałoby się też zlikwidować obramowanie. Poprawmy zatem nasz kod.


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
key pos tl compact nobox hei .6
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0 max 4 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 10 dticks 2 hei .5
data test.dat d1=c1,c2
d1 smooth line marker square msize 0.3 color blue
end graph

Po skompilowaniu powinniśmy dostać taki obrazek:

Rysunek 2. Druga wersja naszego wykresu.

Co zmieniliśmy? Po pierwsze, w linii piątej dodaliśmy polecenia compact, nobox oraz hei .6. Ostatnie z nich, jak łatwo się domyślić, zmienia wielkość czcionki w legendzie (wcześniej czcionka miałą domyślny, zdefiniowany w linii drugiej naszego kodu, rozmiar 0.8). Polecenie nobox zapewnia brak obramowania legendy. Natomiast polecenie compact pozbawia nas problemu z oddzielnym rysowaniem znaku kwadratu i znaku linii. Dalej idąc, w linii jedenastej przed poleceniem line dopisaliśmy smooth (co zapewnia nam wygładzanie linii), zaś za poleceniem marker square dodaliśmy msize 0.3 (co ustawia nam rozmiar symbolu punktu na 0.3 cm).

Więcej danych

Następnie spróbujmy umieścić wykres większej liczby serii danych niż tylko jedna. Do wykresu y=x² dodajmy wykres funkcji y=x³ i y=x⁴.


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
key pos tl compact nobox hei .6 offset 1 1.5
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0.5 max 3.5 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 85 dticks 20 hei .5
data test.dat d1=c1,c2 d2=c1,c3 d3=c1,c4
d1 smooth line marker square msize 0.3 color blue
d2 smooth line marker square msize 0.3 color red
d3 smooth line marker square msize 0.3 color green
end graph

Rysunek 3. Trzecia wersja naszego wykresu.

Jak widać, w linii dziesiątej dodaliśmy dwie nowe serie danych pobieranych z pliku test.dat: serię danych oznaczoną d2 taką, że wartościami „x-ów'' będą dane z pierwszej kolumny pliku test.dat, zaś wartościami „y-ów'' będą dane z trzeciej kolumny pliku test.dat, oraz serię nazwana d3, dla której odpowiednio - „x-y'' to pierwsza kolumna z pliku z danymi, zaś „y-ki'' to czwarta kolumna. Serie te będą przedstawione na wykresie za pomocą kolorów czerwonego i zielonego. Aby wszystkie nasze punkty się zmieściły zmieniliśmy także zakres osi X i Y. Za pomocą polecenia offset 1 1.5 przesuneliśmy także legendę wykresu o 1 cm w prawo i 1.5 cm w dół.

Więcej tekstu

A teraz dodamy trochę więcej tekstu do naszego wykresu.


size 20 10
set hei .8
set font texcmr
begin graph
key pos tl compact nobox hei .6 offset 1 1.5
title "Wykres \Omega + \phi_{2,3}^4"
xtitle "Iksy"
ytitle "Igreki"
xaxis min 0.5 max 3.5 dticks 1 hei .5      
yaxis min 0 max 85 dticks 20 hei .5
data test.dat d1=c1,c2 d2=c1,c3 d3=c1,c4
d1 smooth line marker square msize 0.3 color blue
d2 smooth line marker square msize 0.3 color red
d3 smooth line marker square msize 0.3 color green
end graph
amove 8 5
tex "$\sqrt[3]{x+2}$"
rmove 6 1
text abc

Rysunek 4. Czwarta wersja naszego wykresu.

W nowej wersji naszego wykresu (Rys. 4) dodaliśmy tytuł wykresu (szósta linia kodu) oraz dwa fragmenty tekstu na wykresie (linie 17-ta i 19-ta). Tytuł wykresu dodajemy oczywiście za pomocą polecenia title. Osobiście uważam, że tytuł wykresu naukowego nie powinien być zbyt rozbudowany - może go nawet nie być - ponieważ większość tresci powinno się podać w opisie pod wykresem. Jeżeli chodzi o tekst, to program GLE umożliwia wstawianie tekstu zwykłego, które posiada tylko podstawową funkcjonalność wstawiania wyrażeń matematycznych, oraz, dla bardziej skomplikowanych wyrażeń matematycznych, tryb TeX-owy. Tryb tekstu zwykłego obsługuje tylko podstawowe „komendy'' matematyczne, zapisywane w stylu a'la LaTeX-owym, takie jak: wstawianie indeksu dolnego (_{}) i górnego (^{}) oraz dużą liczbę znaków specjalnych (np. \alpha produkuje grecką literę α po pełną listę symboli odsyłam, jak zwykle, do podręcznika GLE). W trybie tym nie stworzymy jednak pierwiastka ani ułamka zwykłego. Do tego celu musimy użyć „pełnego'' trybu LaTeX-owego. Tryb ten aktywujemy za pomocą polecenia tex (tak jak w kodzie powyżej). Zwykłego trybu tekstowego bądź używamy do opisu etykiet osi, tytułów, bądź też, jeśli chcemy umieścić tekst na wykresie, możemy to zrobić za pomocą polecenia text.

Problem wstawiania tekstu na wykresie jest dobrym punktem wyjścia do przedstawienia dwóch poteżnych poleceń: amove i rmove. Oba służą do przeniesienia „uwagi programu GLE'' na punkt o zdefiniowanym przez nas położeniu: absolutnym, w przypadku polecenia amove, bądź względnym, w przypadku polecenia rmove. Zwróćmy uwagę na następujący fragment ostatniego kodu:


amove 8 5
tex "$\sqrt[3]{x+2}$"

Określa on przeniesienie sterowania na punkt o współrzędnych x = 8 cm i y = 5 cm względem początku naszego układu współrzędnych (w naszym przypadku punkt (0,0) to lewy-dolny róg obrazka), a następnie wypisanie wyrażenia w trybie TeX-owym.
Natomiast analogiczny fragment kodu:


rmove 6 1
text abc

określa przeniesienie sterowania na punkt położony o 6 cm w prawo i 1 cm do góry względem ostatniego zdefiniowanego obiektu (w naszym przypadku - względem wyrażenia definiowanego w poprzednich liniach w punkcie (8,5), a następnie wypisanie tekstu „abc''.

Rodzaje wykresów i style linii

Najwazniejsze typy wykresów to wykresy:

Punktowe - definiowane poprzez podanie komendy marker, np.
d1 marker square msize 0.4 color red
Liniowe - definiowane poprzez podanie komendy line, np.
d1 line color blue
Słupkowe - definiowane poprzez podanie komendy impulses, np.
d1 impulses color green

Inne rodzaje wykresów, np. histogramy, pozwolę sobie pominąć.

We wcześniejszych sekcjach omówiłem pokrótce rodzaje markerów punktów. Teraz chciałbym opisać także sposoby personalizacji linii.
Dwa główne parametry linii na wykresie to jej grubość oraz styl. Grubość linii definiujemy za pomocą polecenia lwidth grubość-w-cm. Możemy zdefiniować albo grubość linii dla wszystkich linii na wykresie:


set lwidth 0.01

albo dla poszczególnej serii danych


d2 line lwidth 0.03 color blue

Polecenie lwidth 0, nie ustawia grubości linii na 0 cm, ale zmienia ją na domyślną grubość, czyli 0.02 cm.

Drugim ważnym parametrem linii jest jej styl. Styl linii definiujemy za pomocą polecenia lstyle kod-stylu, np.
set lstyle 1
lub
d3 line lstyle 3
Istnieje dziewieć predefiniowanych styli, onaczanych cyframi od 1 do 9. nazważniejsze z nich to: 1 - linia ciągła, 2 - linia kropkowana, 3 - linia przerywana. Kod 0 odpowiada domyślnemu stylowi linii, czyli linii ciągłej. Można tekże definiować własne style linii.

LaTeX vs Word

2011-03-29T23:13:00.000+02:00

Podobno jeden obraz jest wart tyle co tysiąc słów :-) więc pozwolę sobie zamieścić obrazek...

Oryginalny obrazek znalazłem tutaj i pozwoliłem go sobie przetłumaczyć.

LaTeX tricks

2010-12-11T23:57:00.002+01:00

Kilka przydatnych sztuczek z LaTeX-em. Umieszczam tutaj, bo jak będę potrzebował to znów będę musiał szukać po plikach albo po sieci...

Własne środowiska twierdzeń itp.

\newtheoremstyle{mojetwierdzenie}
{1ex}{1ex}{\normalfont}{0pt}{\scshape}{.}{1ex}
{{\thmname{#1 }}{\thmnumber{#2}}{\thmnote{ (#3)}}}

\theoremstyle{mojetwierdzenie}
\newtheorem{defi}{Definicja}
\newtheorem{twr}{Twierdzenie}

Własna strona tytułowa (tworzona przez \maketitle)

\makeatletter
\renewcommand{\maketitle}{
\begin{center}
\vspace{2ex}
{\huge \textsc{\@title}}
\vspace{1ex}
\\
\rule{\linewidth}{0.2mm}
\vspace{4ex}
\end{center}
%%% ewentualnie: \@author, \@date
}
\makeatother

Kropki po numerze sekcji

\makeatletter
\renewcommand\@seccntformat[1]{\csname the#1\endcsname.\quad}
\renewcommand\numberline[1]{#1.\hskip0.7em}
\makeatother

Usunięcie napisu 'Literatura' z bibliografii

\renewcommand\refname{\vspace*{-4ex}}
% ewentualnie wpisać własny napis

Zmiana odstępów w bibliografii

\let\oldthebibliography=\thebibliography
\let\endoldthebibliography=\endthebibliography
\renewenvironment{thebibliography}[1]{%
\begin{oldthebibliography}{#1}%
\setlength{\parskip}{0ex}%
\setlength{\itemsep}{0.5ex}%
}%
{%
\end{oldthebibliography}%
}

Mniej wyeksponowane środowisko itemize

\newenvironment{my_itemize}[0]
{\begin{itemize}
\setlength{\itemsep}{1pt}
\setlength{\parskip}{0pt}
\setlength{\parsep}{0pt}}
{\end{itemize}}

Mniej wyeksponowane środowisko enumerate z możliwością zaczynania numeracji od dowolnego numeru

\newenvironment{my_enumerate}[1]
{\begin{enumerate}
\setcounter{enumi}{#1}
\setlength{\itemsep}{1pt}
\setlength{\parskip}{0pt}
\setlength{\parsep}{0pt}}
{\end{enumerate}}

Pakiety z ciekawymi czcionkami:

\usepackage{utopia} 
\usepackage{euler} %matematyczna
\usepackage{mathpazo} %matematyczna

Z serii "amerykańscy naukowcy odkryli..."

2010-12-07T19:18:00.001+01:00

Ludzie, powiedzcie że TO jest żart! Albo coś podobnego do prowokacji Sokala.

Niestety to (chyba) prawda...

Linux dla chemika, cz. 5 - Kalzium

2010-06-14T21:32:00.014+02:00

Kalzium - chemiczny scyzoryk

Gdyby jednym zdaniem spróbować opisać program Kalzium należałoby przedstawić go jako elektroniczny układ okresowy pierwiastków (w skrócie UOP). Jednak owo stwierdzenie jest tylko półprawdą. Kalzium, pierwotnie stworzony z myślą o byciu po prostu układem okresowym zawierającym podstawowe informacje o pierwiastkach, rozwinął się w wielozadaniowe narzędzie informacyjne dla chemika, taki chemiczny scyzoryk.

Rys. 1 - Główne okno programu Kalzium

Obecnie, w wersji 2.3, Kalzium składa się z następujących modułów:

Układu okresowego wraz z dodatkowymi informacjami o każdym z pierwiastków (jest to oczywiście główna część programu);
Modułu do obliczania masy molowej związków;
Tablic z frazami ryzyka/bezpieczeństwa, symbolami liter greckich i przedrostkami liczbowymi;
Tablicy izotopów;
Edytora molekuł (opartego na bibliotece libavogadro);
Konwertora plików chemicznych (stanowiącego nakładkę na OpenBabel);
Modułu do rozwiązywania równań chemicznych metodą algebraiczną;
Modułu do wykreślania pewnych danych o pierwiastkach (np. elektroujemności jako funkcji liczby atomowej);
Modułu do eksportu danych o pierwiastkach (w formacie HTML, XML i CSV);
Słowniczka z podstawowymi terminami chemicznymi (np. co to jest pipeta).

Kalzium jest częścią składową pakietu KDE Edu, tak więc jest dostępny na wszystkie platformy na które są dostępne aplikacje KDE, to jest: GNU/Linux, BSD, Windows i MacOS. Aktualna wersja programu - czyli 2.3 - wchodzi w skład środowiska KDE 4.4.

Rys. 2 - Kalzium jest brylantem w koronie programów edukacyjnych KDE.

UOP...

Tak jak napisałem wcześniej, główną częścią składową programu Kalzium jest układ okresowy.

W odróżnieniu od papierowych wersji układów okresowych, w Kalzium informacje o pierwiastkach nie znajdują się ,,na powierzchni'' układu, ale pojawiają się po kliknięciu na dany pierwiastek. Wróćmy jednak do samego układu. Kalzium pozwala na wiele modyfikacji wyglądu naszego UOP. Możemy wybrać układ tablicy UOP jako: klasyczny (domyślnie ustawiona i najczęściej obecnie używana forma długa wg Wernera), warstwowy (w wersji angielskiej nazwany DZ), tzw. krótki (pokazuje tylko pierwiastki grup głównych; nie jest tożsamy z klasyczną formą krótką wg Mendelejewa) oraz ,,tylko metale przejściowe''.

Mam nadzieję, że może kiedyś w Kalzium znalazłyby się też inne formy układu okresowego, np. stara forma krótka wg Mendelejewa i może nawet jakaś forma spiralna (ale to tylko w ramach ciekawostki -- wieki wychowania kulturowego sprawiły, że przyzwyczajeni jesteśmy do przeszukiwania informacji linia po linii a nie po spirali).

Dalej, możemy spersonalizować zestaw graficzny (np. kolorowanie według grup lub bloków oraz możliwość ustawienia widoku ikon pierwiastków z bardzo ładnymi ikonami - Rys. 1), gradient (np. według elektroujemności, masy atomowej, temperatury wrzenia lub topnienia - dodatkowo na układzie pojawiają się wartości) i numerację grup (nową wg IUPAC lub starą CAS). Pomyślcie tylko, ile kartek papieru musiało by się zmarnować, by pokazać układ okresowy pierwiastków na tyle sposobów! Dodatkowo, korzystając z funkcji dostępnych na panelu bocznym, możemy wejść w jeszcze większą interakcję z naszym układem okresowym. W panelu bocznym znajdują się bowiem zakładki Stan materii i Oś czasu. Manewrując odpowiednimi suwakami możemy sprawdzić w jakich stanach skupienia znajdują się pierwiastki np. w 2000 K, lub też sprawdzić ile pierwiastków było znanych 200 lat temu.

Opiszę teraz informację o pierwiastkach, które możemy uzyskać za pomocą Kalzium. Okno informacyjne jest siedmiodzielne, tak jak na Rys. 2. W swojej siedmiodzielności okno owe dzieli się na:

Przegląd - Podstawowe informacje o danym pierwiastku: nazwa, symbol, liczba atomowa i masowa (jeśli ustawiony jest tryb widoku ikon, to tutaj widoczna jest tylko ikona pierwiastka, najczęściej związana z jego zastosowaniem w technice);
Model atomu - Graficznie przedstawiona powłokowa struktura atomu;
Różne - Różne informacje, zazwyczaj: blok, odkrywca i data odkrycia, pochodzenie nazwy;
Izotopy - Liczby masowe, okres półtrwania i inne informacje o wszystkich izotopach danego pierwiastka;
Przegląd danych - Temperatury przemian fazowych, konfiguracja elektronowa, różne energie, elektroujemność;
Dodatkowe informacje - Odnośnik do Wikipedii ;-)
Widmo - Widmo emisyjne danego pierwiastka (z możliwością ustawienia zakresu długości fali). Czyli coś czego próżno szukać w papierowych układach okresowych.

Warto też dodać, że w Kalzium, tak jak we wszystkich programach KDE4, można zmienić język interfejsu (menu Pomoc -> Zmień język aplikacji). Jest to najprostsza droga, by zobaczyć jak nazywają się pierwiastki np. po francusku, lub w jakimś bardziej egzotycznym języku (oczywiście musimy mieć zainstalowane odpowiednie pakiety językowe KDE).

... i dodatki

Jak wcześniej wspomniałem, Kalzium nie jest tylko elektronicznym układem okresowym pierwiastków, ale zawiera także kilka przydatnych chemikowi innych funkcjonalności. Wśród nich najważniejszymi, według mnie, są: moduł do obliczania masy molowej związków, moduł do rozwiązywania równań chemicznych, tablica izotopów oraz wbudowany edytor molekuł.

Najprostsza sprawa jest z modułem obliczania masy molowej. Z panelu po lewej stronie wybieramy zakładkę Oblicz i wpisujemy w pole formuły wzór związku którego masę molową chcemy obliczyć. Przydatne, gdy do raportu musimy mieć masę molową związku, którego próżno szukać w tablicach chemicznych ;-) Moduł ów ma jedną wadę, a mianowicie nie rozpoznaje hydratów. Można jednak sobie z tym poradzić wpisując w pole formuły np. CuSO4(H2O)5 zamiast CuSO4*5H2O.

Rys. 3 - Rozwiązywanie równań.

Moduł rozwiązywania równań chemicznych (aby go uruchomić należy wybrać z menu Narzędzia -> Rozwiązywanie równań lub tez kliknąć na odpowiednią ikonę na pasku narzędziowym) także jest prosty w użyciu. Wpisujemy po prostu w odpowiednie pole równanie chemiczne ze wszystkimi substratami i produktami oraz symbolami literowymi zamiast nieznanych współczynników (jeśli chcemy to część współczynników możemy podać jako znane) i klikamy przycisk Oblicz. Jeśli równanie nie jest sprzeczne, to otrzymujemy w wyniku rozwiązane równanie ze znanymi współczynnikami, tak jak na Rys. 3.

Tablica izotopów (Rys. 4) zawiera informacje o masach atomowych i czasach półtrwania (o ile są znane) wszystkich izotopów pierwiastków. Można przyczepić się tylko do faktu, że w tablicy brakuje w większości informacji o sposobie rozpadu izotopów.

Rys. 4 - Tablica izotopów.

Rys. 5 - Wbudowany edytor molekuł w Kalzium.

Na koniec chciałbym jeszcze omówić wbudowany w Kalzium trójwymiarowy edytor molekuł. Jest on oparty na bibliotece libavogadro, więc niewiele różni się od programu Avogadro (oczywiście jest uproszczony). Okno edytora molekuł składa się zasadniczo z dwóch części: prawej z obszarem roboczym molekuły, i lewej - panela narzędziowego (Rys. 5).

Oprócz kreacji cząsteczki (należy przełączyć się na zakładkę Modyfikuj), możemy także ją obracać, przesuwać, skalować (po przełączeniu się na zakładkę Obraz) oraz zmierzyć odległości i kąty między atomami (zakładka Mierz). Stworzoną cząsteczkę możemy także zoptymalizować pod kątem geometrii (przycisk Optymalizuj w zakładce Modyfikuj).

Oczywiście istnieje też możliwość wczytania i zapisu plików cząstek zapisanych w popularnych formatach (Kalzium dysponuje też swoją pokazową bazą cząsteczek).

Zakończenie

Mam nadzieję, że niechemicy wybaczą mi, iż tyle rozpisuję się nad jednym programem edukacyjnym, ale uważam że Kalzium wart jest tego opisu. Jako chemik wprawdzie widzę, że wiele funkcjonalności Kalzium dało by się zrobić lepiej, ale do codziennych zastosowań w zupełności wystarczy.

Artykuł ten, mojego autorstwa, został po raz pierwszy zamieszczony w czasopiśmie Dragonia Magazine

Dragonia Magazine nr 37

2010-06-10T23:16:00.003+02:00

08.06.2010 został wydany kolejny numer darmowego czasopisma o tematyce open source – Dragonii Magazine.

Team Dragonia Magazine wydał kolejny, już 37 numer swojego pisma. Zapraszamy do pobrania, przeczytania i podzielenia się uwagami na naszym forum.

W numerze:
Przyspieszone wprowadzenie do Solarisa, informacje o PC-BSD, PCLinuxOS oraz CAELinux, dystrybucji przeznaczonej dla inżynierów i naukowców. Obok ciekawego felietonu mamy interesujący artykuł o optymalizacji firewalla. Świat nie tylko Linuksem stoi, więc dla użytkowników dominującego na biurkach systemu mamy artykuł jak sobie ułatwić życie korzystając z Subversion i sympatycznego programu TortoiseSVN.
To nie wszystko. Na deser mamy jeszcze artykuły o p2m oraz CAD i GIS pod Linuksem.

Numer można pobrać z działu Download.

Zapraszamy do lektury.

Redakcja

Podział naukowców (w naukach ścisłych)

2010-06-03T00:48:00.003+02:00

Pisząc krótko, naukowcy w naukach ścisłych^* dzielą się na następujące typy (podział jest nieco humorystyczny):

Myśliciel-filozof - Zastanawia się "Co by było gdyby..." lub "Dlaczego...?". Gdy już znajdą odpowiedzi na te pytania, to przy okazji powstają nowe teorie, np. teoria grawitacji lub mechanika kwantowa. Ich ulubioną bronią jest Gedankenexperiment.

Matematyk-futurysta - Tworzy nowe gałęzie matematyki, po to by udowodnić, że jeśli nasz Wszechświat ma kształt 24-wymiarowego torusa zawiniętego w kształt precla bawarskiego to da się wyjaśnić anomalie w prędkości sond Voyager.

Programista - Cieszy się gdy za pomocą trików na jakiśtam wielowymiarowych macierzach uda mu się uprościć obliczenia korelacji elektronowej z rzędu ~n⁸ do rzędu ~n^5ln2.

Praktyk - Takich jest najwięcej. Prowadzą doświadczenia lub je interpretują. Potrafią zrobić w odpowiednich proporcjach kogiel-mogiel ze związków których nazwy mają po kilkaset znaków lub wyjaśnić co znaczy ten maleńki pik na widmie.

^* Raczej zawężam się tu do fizyki i chemii, czyli do nauk określanych angielskim terminem fundamental science.

Google Chrome 5 Final i 6.0 Dev

2010-05-27T03:22:00.004+02:00

Świat ekscytuje się wydaniem wersji finalnej Google Chrome 5.0, a ja mam już wersję deweloperską 6.0! Większych zmian w porównaniu do wersji 5.0 nie stwierdzono (drobne zmiany w interfejsie paska narzędziowego i pewnie poprawki błędów).

Nr 36 (specjalny) Dragonii Magazine

2010-04-13T23:23:00.002+02:00

Dziś został wydany kolejny numer darmowego czasopisma o tematyce open source – Dragonii Magazine. Tym razem jest to numer specjalny. Przeczytamy w nim pełną historię “od A do Z” wdrożenia oprogramowania Open Source w szpitalu. Zachęcamy wszystkich do zapoznania się z tym numerem szczególnie informatyków/administratorów ze szpitali i urzędów.

Z wstępniaka:

Drodzy Czytelnicy

Oddajemy w Wasze ręce kolejny numer specjalny. Ten nie dosc, ze jest poswiecony jednemu tematowi, to jeszcze jest popełniony przez jednego autora – Piotra Smolenia, którego miło nam gościć na naszych łamach.

Bieżący numer to studium przypadku, czyli historia wdrożenia otwartozródłowego oprogramowaniaw dużym szpitalu wojewódzkim, w części serwerowej. Innymi słowy, jak zapanować nad użyszkodnikami, sprzętem i oprogramowaniem nie mając na to góry pieniędzy, by w efekcie zmienić „młyn” w sympatyczną pracę. Przeczytamy także o niezmiernie ważnym elemencie każdego wdrożenia, tzw. części miękkiej – jak przekonać lub zmusić użytkowników do korzystania z „nowego” lub „po nowemu”. A także ile za komfort zmuszenia ich trzeba zapłacić.

Aplikacje, których nazwy przewina się w treści, są w większości powszechnie znane. Z tymi mniej znanymi warto się zapoznać. Jak przekonamy się, spięcie wielu aplikacji w jedna spójna całość jest nie tylko możliwe, ale znakomicie ułatwia prace tak użytkownikom (jedno hasło), jak i administratorom.

Zapraszam do zatopienia się w pasjonującej opowieści – jak w chaosie pojawiła się wizja normalności oraz jak i z jakim trudem te normalność wprowadzano.

Miłej lektury!

Tomasz Łuczak

zastępca redaktora naczelnego

Numer można pobrać z działu Download.

Rekonq 0.4

2010-03-15T02:08:00.006+01:00

Dnia 12.03.2010 ukazała się wersja 0.4 przeglądarki Rekonq¹. O przeglądarce tej pisałem już wcześniej, więc gwoli przypomnienia - Rekonq jest przeglądarką WWW opartą o Qt oraz silnik WebKit. Często porównywana jest do Google Chrome, ze względu na minimalistyczny interfejs (m.in. brak paska menu) oraz podobny wygląd ekranu startowego. Jednakże, i zgodnie z nazwą, Rekonq obficie korzysta z mechanizmów i elementów interfejsowych KDE SC (wystarczy chociażby spojrzeć na okno ustawień).

Wśród nowości pojawiających się w wersji 0.4 (w porównaniu do wersji 0.3) wymienić należałoby:

Obsługa Portfela KDE - KWallet (co ma też swoje wady, które uświadamia się posiadając np. dwa konta Google)

Integracja z KGet

Obsługa AdBlocka (na razie można tylko manualnie dodawać odpowiednie filtry albo, co jest wygodniejsze, zaimportować jakieś filtry z Firefoksowego AdBlocka)

Wsparcie dla protokołu ftp://

A także: poprawki w ekranie startowym, w trybie pełnoekranowym; poprawa stabilności...

Wśród wad można wymienić przede wszystkim jeszcze niewystarczającą stabilność oraz... brak wtyczek (ostatnio mam wrażenie, że tylko przeglądarki obsługujące wtyczki mają szansę na sukces - vide Firefox i Google Chrome). Jednakże Rekonq rozwija się dość szybko (chyba szybciej niż Arora), więc może kiedyś² zastąpi w KDE sztandarowego Konquerora.

¹ Tak więc jak widać wpis jest opóźniony o kilka dni :-)
² Ale pewnie dopiero w okolicy KDE 5 ;-)

Krótki wpis dnia 08.03.2010

2010-03-08T01:55:00.002+01:00

Po pierwsze - Jeśli komuś po aktualizacji KDE SC z wersji 4.4 Beta do wersji finalnej 4.4 padły funkcje pulpitu semantycznego Nepomuk (wyszukiwanie plików, tagowanie itd.) to radzę skonwertować bazę danych Virtuoso z wersji 5 do wersji 6 za pomocą programu virtuosoconverter (w OpenSUSE znajduje się on w pakiecie nepomuk-virtuoso-converter).

Po drugie - Znalazłem ciekawy plugin do przeglądarki Google Chrome, który integruje ją z Google Bookmarks. GBX (dostępny pod tym adresem) tworzy na pasku zakładek Chrome dodatkowy folder w którym znajdują się zakładki z GBookmarks (synchronizowane co 5-30 minut). Dodatkowo na pasku adresu, z jego prawej strony (gdyż po lewej jest już jedna gwiazdka), pojawia się dodatkowa gwiazdka odpowiedzialna za dodawanie zakładek do GBookmarks.

Testowanie wersji rozwojowej Google Chrome 5.0

2010-02-27T16:04:00.000+01:00

Ostatnio intensywnie testuję (tzw. używam jako podstawowej przeglądarki) Google chrome w wersji rozwojowej 5.0 (a wcześniej także intensywnie testowałem 4.0 - vide mój artykuł w 35 numerze Dragonii Magazine). Większość stron, które w wersji 4.0 beta wyświetlały się błędnie wyświetla się teraz dobrze. Synchronizacja zakładek działa dobrze. Rozszerzeń ciągle przybywa (ostatnio próbuję się jeszcze bardziej zintegrować z Google Bookmarks za pomocą tego rozszerzenia).

Tylko niech nikt mi nie wmawia, że Chrome jest "niedobre" bo szpieguje użytkownika.

Nr 35 Dragonii Magazine

2010-02-23T20:41:00.000+01:00

Dzisiaj został wydany 35 numer Dragonii Magazine - e-zinu poświęconego tematyce Wolnego i Otwartego Oprogramowania.

Z wstępniaka:

Na Śląsku dzieje się! W Tarnowskich Górach rokrocznie we wrześniu mamy Gwarki - wspaniała feta z królem Janem III Sobieskim z Marysieńką, z Goethem i wieloma innymi znamienitymi postaciami z historii, na które Was już teraz zapraszamy. Zimą zaś, oprócz śniegu i mrozu, mieliśmy imprezy wolnego oprogramowania. Mamy nadzieję, że będą organizowane w coraz większej liczbie miejsc. My zaś będziemy im z przyjemnością patronować i o nich Wam donosić. Na razie poczytajcie co się działo.

Zapracowanym administratorom zdecydowanie polecamy artykuł o GLPI, w którym znajdziemy podpowiedź jak ułatwić ewidencjonowanie sprzętu i materiałów eksploatacyjnych w firmie oraz jak stworzyć bazę wiedzy i system zgłoszeń od użytkowników.

W numerze pierwszy artykuł z serii o Solarisie, podstawy PyQt4 i ciąg dalszy PHP, tyle że teraz już obiektowo. Polecamy artykuł o Sweet Home 3D - czyli jak się zrujnować pokazując go żonie. Są także plusy - przestaniecie na jakiś czas męczyć wzrok przy komputerze a zaczniecie rozwijać tężyznę fizyczną przy przestawianiu mebli.

Ponadto w numerze przeczytajcie o oprogramowaniu do kontroli rodzicielskiej, może warto je było uruchomić dla żony wcześniej? Czy Google Chrome jest tym, czego mi potrzeba? Przeczytajcie artykuł i odpowiedzcie sobie sami. Vim ma się dobrze, ale czy potrafimy z niego wyjść bez generowania pseudolosowego ciągu znaków? Po lekturze artykułu ten złośliwy kawał przestanie być aktualny. Na koniec porównanie paneli sterowania: YAST przeciw Madriva Control Center.

Redakcja Dragonia Magazine

W numerze:

- Przyśpieszone wprowadzenie do Solarisa cz.1
- YaST vs. Mandriva Control Center
- Tarnogórskie ImprezyWolnego Oprogramowania
- Google Chrome – czy jest to przeglądarka dla mnie?
- Kontrola rodzicielska w systemach GNU/Linux
- Wnętrze Twego domu – Sweet Home 3D
- GLPI
- O Vim słów kilka
- Podstawy tworzenia aplikacji desktopowych z PyQt4
- Kurs PHP – cz. 5
- Książki wydawnictwa PWN
- Książki wydawnictwa HELION

Numer można pobrać z działu Download

112 = Kopernik - już oficjalnie

2010-02-21T16:30:00.000+01:00

Dnia 19 lutego 2010 Międzynarodowa Unia Chemii Czystej i Stosowanej (IUPAC) oficjalnie nazwała Pierwiastek 112 nazwą Copernicium (symbol Cn), od nazwiska polskiego astronoma Mikołaja Kopernika.

Komunikat dostępny jest tu: http://www.iupac.org/web/nt/2010-02-20_112_Copernicium

Linux dla chemika, cz. 4 - SketchEl

2010-01-17T01:33:00.001+01:00

Kiedyś pisałem o programie Chemtool; dzisiaj chciałbym napisać dwa zdania o podobnym programie do rysowania struktury 2D związków chemicznych, tj. o SketchEl.

SketchEl jest programem napisanym w Javie. Po ściągnięciu archiwum jar ze strony domowej programu, uruchamiamy go poleceniem:

java -jar SketchEl-1.47.jar

Program wygląda jak na obrazku poniżej.

SketchEl oczywiście umożliwia w wygodny sposób narysowanie cząsteczki (lub zbioru cząstek) - mamy do wyboru linie odpowiadające różnym wiązaniom (w tym wiązaniom wychodzącym przed i za płaszczyznę), opcje usuwania, przesuwania i rotowania atomów i wiązań, dodawanie ładunków do atomów, dodawanie tekstu, prosta baza szkieletów cząstek. Czyli wszystko to co być powinno. SketchEl intensywnie używa wszystkich trzech przycisków myszy oraz skrótów klawiaturowych, więc warto skierować kursor myszki na daną ikonkę na pasku narzędziowym i poczytać podpowiedzi (niestety program istnieje w wersji angielskiej).

Ciekawe w SketchEl są opcje dotyczące stereochemii związków organicznych. Program potrafi więc:

Oznaczyć centra chiralności (opcja z menu Stereochemistry->Show Stereo Labels);
Zmienić stereochemię centrów chiralnych na odwrotną (opcja z menu Stereochemistry->Invert Stereochemistry);
Zmienić stereochemię centrów chiralnych na "tylko prawoskrętną" (opcja z menu Stereochemistry->Set R/Z) lub "tylko lewoskrętną" (opcja z menu Stereochemistry->Set S/E); przy czym przy tych opcjach program automatycznie dopasowuje nam oznaczenia płaszczyznowe wiązań.

Jeżeli chodzi o opcje zapisu wyników rysowania, to SketchEl posiada własny format plików o rozszerzeniu EL, ale potrafi też eksportować cząsteczki do formatów chemicznych MDL i CML oraz do formatów graficznych PNG, SVG i ODG.

Ściąganie wykładów z sieci za pomocą programu wget

2010-01-13T02:51:00.000+01:00

Niektóre instytucje naukowe umieszczają w sieci różnej treści wykłady z różnych, ciekawszych lub mniej ciekawych, dziedzin. A skoro umieszczają to publicznie, to można je sobie na własny użytek ściągnąć. Pół biedy kiedy to jest jeden czy dwa pliki, to je można "ręcznie" pobrać. Gorzej jest jeśli natrafimy na prawdziwą kopalnię wiedzy i chcemy ściągnąć dwadzieścia lub więcej plików. Wtedy z pomocą przychodzi nam dobrze znany wszystkim program wget.

Przykład 1. Załóżmy, że chcemy ściągnąć wykłady zapisane w plikach PDF i PPT rozmieszczone w odpowiednich katalogach (np. z podziałem na lata). Uruchamiamy wtedy ściąganie poleceniem:


wget -r -H -l 2 -A pdf,ppt -np http://jakiśtamserwer/

gdzie opcja -r oznacza oczywiście ściąganie rekurencyjne, -H zabranie przechodzenia między hostami w trakcie podążania przez wget między odnośnikami, -l 2 określa 2 poziom podążania przez wget między odnośnikami (należy go dobrać odpowiednio do struktury ułożenia danych które chcemy ściągać, aby nie ściągnęło się nam pół strony uczelni), -A pdf,ppt określa tylko jakie pliki chcemy ściągnąć, zaś opcja -np zabrania przechodzenia do wyższych poziomów hierarchii plików niż ta startowa w trakcie podążania przez wget między odnośnikami.

Przykład 2. Wykład istnieje w postaci pliku HTML z obrazkami i ewentualnymi odnośnikami.


wget -r -H -l 1 -k -np http://jakiśtamserwer/plik.html

Opcje w większości są takie same - opcja -k odpowiada za konwersję odnośników tak by wskazywały na dopiero co ściagnięte pliki lokalne. Parametr -l należy oczywiście dobrać odpowiednio ostrożnie.

Inne programy które mogą być pomocne to: aria2 (nie oferuje pobierania rekurencyjnego ale umożliwia pobieranie wielu plików na raz) i pavuk (oferuje ściąganie rekurencyjne, ale go za dużo nie testowałem).

Usuwanie komentarzy z plików TeX za pomocą programu sed

2010-01-03T23:17:00.001+01:00

Ostatnio miałem dość duży plik LaTeX-a z mnóstwem komentarzy które musiałem usunąć. Usunięcie komentarzy ręcznie wprawdzie jeszcze wchodziło w grę (w końcu plik miał tylko ponad 2000 linii, z czego - jak się później okazało - połowa to były komentarze), ale poszperałem tu i ówdzie i postanowiłem zaprząść do pracy program sed. Problem nie był wcale taki prosty jak mi się na początku wydawało (biorąc pod uwagę różne możliwe ułożenia znaku % w kodzie i różne jego znaczenia), ale w końcu chyba udało mi się go kompletnie rozwiązać.

Dla potrzebujących prezentuję kod (zapisany w skrypcie o nazwie delcom.sed):

/^%/d
s/\\\\\\%/\\\\\\@#per#@/g
s/\\\\%.*/\\\\/g
s/\\\\%*/\\\\/g
s/\\%/\\@#per#@/g
s/%.*$//g
s/%*$//g
s/\\@#per#@/\\%/g

Skrypt taki uruchamiamy poleceniem
sed -f delcom.sed plik1.tex > plik2.tex

Dla ciekawskich omówię poszczególne linie skryptu. Linia pierwsza usuwa komentarze zaczynające się na początku wiersza (to była najprostsza część konstruowania skryptu). Linia druga zabezpiecza sekwencje znaków \\\% (czyli przejście do nowej linii i znak procenta) zamieniając w kodzie LaTeX-a znak % na trudną do uzyskania w normalnym tekście sekwencję znaków @#per#@. Linia trzecia i czwarta usuwają komentarze które zaczynają się tuż za znakiem \\ (tzn. sekwencja znaków \\%), komentarze odpowiednio z co najmniej jednym znakiem oraz komentarze puste. Linia piąta, podobnie jak linia druga, zabezpiecza znak procenta który ma się ukazać w tekście (zamienia \% na \@#per#@). Linie szósta i siódma usuwają komentarze zaczynające się od znaku % i idące do końca linii (j.w. - komentarze z co najmniej jednym znakiem i komentarze puste). Linia ósma odbezpiecza znaki procenta które nie były komentarzami i miały ukazać się w tekście.

Jak na razie skrypt sprawdza się. I oby było tak zawsze.

Numer 34 Dragonii Magazine na Święta

2009-12-24T23:55:00.000+01:00

Dnia 23 grudnia 2009 roku został wydany 34 numer Dragonii Magazine - e-zinu poświęconego tematyce Wolnego i Otwartego Oprogramowania. W sam raz do poczytania w czasie Świąt.

Słowem wstępu:

Z okazji Świąt Bożego Narodzenia życzę Wam wielu głębokich i radosnych przeżyć, zdrowia, wewnętrznego spokoju, wytrwałości, miłości i radości w każdym dniu nadchodzącego Roku.
Niech się Wam darzy w Nowym Roku!
Świątecznym prezentem dla Was niech będzie bieżący numer Dragonia Magazine.
W numerze przeczytacie o Androidzie i mapach skojarzonych z GPS – czyli opensource w telefonach komórkowych. Nawiązując do obrazków mamy ciekawy artykuł o GLE, czyli generatorze wykresów. Webmasterzy znajda także coś dla siebie: czwarty odcinek kursu PHP, Zend i Django. By szybko i skutecznie notować i zapamiętywać, polecam program FreeMind, opisany w bieżącym numerze. Dla tych zaś, którzy nie chcą sobie obciążać pamięci ani notować informacji o podległych im komputerach, mamy artykuł o OCS Inventory NG.

Zapraszam do lektury.

Tomasz Łuczak
zastępca redaktora naczelnego

Tematy z okładki:

Django to obecnie chyba najpopularniejszy framework napisany w Pythonie służący do tworzenia dynamicznych stron internetowych. Łączy on prostotę użycia z bogatymi możliwościami oraz świetna dokumentacja.
Framework licencjonowany jest na liberalnej licencji BSD i można go stosować w dowolnych projektach.

GLE jest kompilowanym językiem skryptowym stworzonym do tworzenia wykresów i diagramów naukowych.
Gnuplota znacie, pora na GLE!

Gstrack+
Nigdy nie wiadomo, kiedy elektroniczna mapa w telefonie komórkowym może się przydać. Większość rozwiązań jest dedykowanych urządzeniom konkretnej firmy, są płatne albo wymagają ciągłego podłączenia do Internetu.
A co, jeśli nie chcemy płacić, mamy telefon innej firmy a zdarzy się nam zgubić w miejscu gdzie Internetu nie ma?

W numerze...

SYSTEM
- Android
SOFTWARE
- GpsTrack+
- Tworzenie wykresów naukowych za pomocą GLE
- Mind Map
- OCS Inventory NG
PROGRAMOWANIE
- Django Tutorial
- Zend Framework = framework + komponenty
- Kurs PHP – część 4
LITERATURA
- Książki wydawnictwa PWN
- Książki wydawnictwa HELION

Zapraszamy do lektury! Numer jest do pobrania w dziale Download.

Rekonq 0.3

2009-11-29T20:47:00.007+01:00

W numerze 33 Dragonii Magazine pisałem o przeglądarce Rekonq, opartej o QtWebkit. Niedawno jednak wyszła wersja 0.3 tej przeglądarki, niosąca trochę zmian.

Zmian w dużej mierze interfejsowych. Andrea Diamantini, twórca Rekonq, postanowił wzbogacić go np. o nowy ekran startowy - podobny do operowego SpeedDial. W odróżnieniu od Opery, ekran startowy Rekonq posiada więcej możliwości: albo możliwy jest podgląd miniatur ulubionych stron, albo możemy przejrzeć historię odwiedzonych stron lub ostatnie zamknięte karty, możemy też mieć w oknie listę zakładek (widok podobny do tego jaki istnieje w Konquerorze). Dodatkowo wprowadzono podgląd kart (tj. podgląd strony po najechaniu myszką na kartę). Poza tym zlikwidowano menu górne (te z pozycjami Plik, Edycja...) ale w zamian stworzono nową ikonkę/logo Rekonq (nie jestem pewien co dokładnie przedstawia, ale chyba metalicznego smoka opasującego kulę ziemską). Ze zmian nieinterfejsowych - Rekonq integruje się z systemem pobierania plików KDE (szkoda, że nie z KGet) oraz posiada wsparcie dla sesji.

Poniżej dwa obrazki:

Rekonq jest jeszcze trochę niestabilny, ale myślę, że zapowiada się na ciekawą przeglądarkę.

Lenovo Ideapad Y530 i SUSE Linux

2009-11-12T20:24:00.006+01:00

Od mniej więcej dwóch miesięcy mam laptopa Lenovo Ideapad Y530. Został on mi dany z Windowsem Vista, ale korzystając z okazji, iż na zjeździe redaktorów Dragonii Magazine dostałem ładnie opakowane płytki z dystrybucją SUSE Linux Enterprise Desktop ver.11, zainstalowałem sobie ową dystrybucję na wyżej wymienionym laptopie. I w ogólności mogę rzecz, że jestem zadowolony. Instalacja bezproblemowa, po instalacji działa wszystko niemalże od ręki. WiFi i Bluetooth działa. Myszki na USB działają zaraz po podłączeniu. Rzutnik podłączony do laptopa także działał (chociaż musiałem zmienić rozdzielczość ekranu z 1280x800 na 800x600, bo rzutnik jakoś źle tolerował rozdzielczość 1280x800, tzn. obcinał część widoku). Jedyne, z czego jestem niezadowolony, to hibernacja. Ta z kolei nie działa (ani suspend2ram, ani suspend2disc). Podobno jest to jednak jakiś błąd sterowników NVIDII i podobno nawet można to obejść, ale z tym problemem nie walczyłem (zmieniłem tylko ustawienia PoverDevil'a by mi nawet nie próbował hibernacji), więc się więcej nie wypowiem. Pewnym niespełnieniem są także przyciski multimedialne - większości z nich nie rozpoznaje ani xbindkeys ani KDE.

Reasumując - SUSE Linux (a więc także dowolna dystrybucja Linuksa) jest tak dojrzałym systemem, że działa bezproblemowo (no tak w 99% bezproblemowo) na laptopach. I kto dalej twierdzi, że Linux nadaje się tylko na serwery?

Numer 33 Dragonii Magazine

2009-11-03T12:48:00.003+01:00

Wczoraj wyszedł 33 numer Dragonii Magazine, czasopisma którego jestem skromnym redaktorem.

W numerze...
SYSTEM
- Moblin
SOFTWARE
- Octave - zaawansowany kalkulator naukowy - cz.2
- Czego nie wiesz o Inkscape
- Qt + Webkit = Arora + Rekonq
WYWIAD
- Wywiad z Carstenem Haitzlerem – twórca Enlightenment
Wyniki konkursu Dragonia Magazine
PROGRAMOWANIE
- Zend Framework, czyli PHP to coś więcej niż „echo”
- Ankieta Dragonia Magazine
- Życiowe programowanie w Perlu – cz.3
- Wprowadzenie do Pythona
LITERATURA
- Książki wydawnictwa PWN
- Książki wydawnictwa HELION

Krótki wpis dnia 04.07.2009

2009-07-04T19:15:00.003+02:00

Po pierwsze - Postanowiłem, że mój blog będzie od teraz działał na platformie Blogger.com, co oznacza, że jestem teraz bardziej zintegrowany z Google™. Zobaczymy, co z tego wyniknie.

Po drugie - Przez ostatnie dni wyszło sporo nowych wersji różnorakich aplikacji: Firefox 3.5 (zaktualizowałem), KDE 4.3 RC (zaktualizowałem z KDE 4.3 Beta2, ale KMail nadal mi crash'uje), Opera 10 RC (też zaktualizowałem).

Po trzecie - Zauważyłem, że aktualnie najnowsza wersja sterowników firmy NVIDIA dla systemów uniksowych to 185.18.14. Nie chce mi się aktualizować, bo KDE 4 znośnie działa na tych które aktualnie mam. I chyba w ogóle przestaje interesować się tymczasowo nowinkami w sterownikach NVIDII.

Po czwarte - Ostatnio bardziej lubię Operę niż Konquerora.

Linux dla chemika, cz. 3 - Jmol

2009-07-04T18:20:00.011+02:00

Jmol jest programem to wizualizacji 3D cząsteczek chemicznych. Nie służy on do tworzenia plików cząstek (i nie potrafi ich konwertować) ale za to potrafi otworzyć prawie każdy format pliku cząstek chemicznych.

Jmol jest programem napisanym w Javie, tak więc jest programem wielosystemowym (Linux, Widmows, MacOS). Istnieje jako samodzielna aplikacja, a także jako aplet do umieszczenia na stronie WWW.

Możliwości programu:

Otwiera pliki cząstek w formatach: CIF/mmCIF, CML, CSF, CTFile, GAMESS, Gaussian 94/98/03 output, Ghemical, HIN/HIV, Jaguar, MM1GP, MOL, MOLPRO, MOPAC 93/97/2002 output, NWCHEM, odydata, PDB, QOUT, SDF, SHELX, SMOL, spinput, xodydata, XYZ/XYZ+vib/XYZ-FAH.
Ładnie renderuje cząstki :-)
Pokazuje animacje i drgania (np. z plików .log Gaussiana)
Potrafi mierzyć odległości i kąty między atomami
Eksportuje pliki cząstek do formatów graficznych: .jpg, .png, .ppm, .pdf lub do formatu PovRay
Posiada dużo opcji wizualizacyjnych: zmiana postaci wyświetlania atomów i wiązań (kulki, linie, sfery van der Waalsa, wstążki dla biomolekuł, różne kolorystyki), dodawanie boksu i osi, pokazywanie etykiet, rotacja, skalowanie, etc.
Własny język skryptowy
Wsparcie dla publikacji cząsteczek chemicznych na stronie WWW (nie korzystałem z tego)

Program jest dość ciekawy, chociaż długo się włącza (i dość długo ładuje cząsteczki).

Na koniec dwa obrazki:

Strona domowa programu: http://jmol.sourceforge.net/
Strona wiki: http://wiki.jmol.org/index.php/Main_Page

Dlaczego lubię Konquerora jako przeglądarkę WWW?

2009-06-22T02:21:00.003+02:00

Tak więc, jako podstawowej przeglądarki WWW używam Konquerora (chociaż co jakiś czas odczuwam przesilną chęć przesiadki na Operę).

Dlaczego lubię Konquerora:

W środowisku graficznym którego używam, czyli KDE, Konqueror bardzo szybko się uruchamia, i dobrze się integruje z resztą aplikacji KDE.
Nie ma kłopotów z flashem.
Posiada wsparcie dla szybkiego wyszukiwania informacji w sieci - zaznaczony tekst można, korzystając z menu kontekstowego, dać do przeszukania w Google lub innej wybranej wyszukiwarce (i co najważniejsze - wyniki wyszukiwania pojawiają się w nowym oknie, a nie, jak w Operze - w tym samym, co mnie strasznie irytowało), a dodatkowo jeśli zaznaczony tekst jest adresem sieciowym to można go otworzyć nawet jeśli nie jest hypertekstem w sensie ścisłym.
Obsługuje HTTP, FTP, SFTP, SVN i kto wie co jeszcze...
Ma wygodne skróty sieciowe do wyszukiwarek wszelakich, wpisywane na pasku adresu, które działają także w KRunnerze (no i oczywiście posiada też normalny pasek wyszukiwania, a pasek adresu też działa jak pasek wyszukiwania).
Ma wszystko co powinna posiadać nowoczesna przeglądarka: Adblocka, automatyczne odświeżanie, zmiana identyfikacji, wygodna obsługa zakładek, obsługę sesji.
Posiada opcję pozwalającą przywrócić ostatnio zamknięte karty.

Dlaczego nie lubię Konquerora:

Niektórych stron nie otwiera (np. www.newsweek.pl), a z innymi nie współpracuje poprawnie (np. bing.com, Picassa).
Czasami nieco irytuje mnie jego obsługa PDF-ów w sieci. Czasami otwiera się okienko z opcją "Otwórz w Okular", a czasami tylko z opcją "Otwórz z...". A Opera wszystkie PDF-y traktuje jednakowo.
Zarządzanie hasłami jest jakieś dziwne. Portfel KDE (bo z nim jest zintegrowany Konqueror) nie potrafi zapamiętać dwóch loginów do jednej strony.

Mimo wszystko, Konqueror jest nawet miłą przeglądarką WWW, chociaż jest używany tylko przez jakieś 0.1% użytkowników Linuksa :-)

Writer2LaTeX - konwersja plików ODT do TEX

2009-06-07T16:06:00.004+02:00

Czasami istnieje potrzeba konwersji OpenOffice'owskich plików ODT do plików TEX. Wprawdzie sam OpenOffice Writer posiada możliwość eksportu treści do plików TeX-a, ale ów eksport nie jest najlepszym z możliwych. Niestety OpenOffice generuje przy eksporcie strasznie skomplikowany kod wynikowy (wszędzie te formatowania...), który ciężko później wstawić do swojej pracy bez oczyszczania (a proces oczyszczania kodu trwa dłużej niż proces kopiuj-wklej tekst + dorób formatowanie w LaTeX-u). Na szczęście znalazłem niedawno lepszą alternatywę, a mianowicie program Writer2Latex. Zaletą programu Writer2Latex jest duża czystość generowanego kodu TeX-a przy konwersji plików ODT do TEX.

Writer2Latex jest konsolowym programem napisanym w Javie. Działa szybko i bezboleśnie. Radzi sobie z tabelkami i wzorami. Potrafi wyciągać obrazki z dokumentu ODT. Oprócz eksportu do formatu TEX, Writer2Latex pozwala także na eksport do plików BibTeX oraz XHTML i XHTML+MathML (tutaj także eksport z OO Calc).

Ponieważ, jak wspomniałem wcześniej Writer2Latex jest napisany w Javie. Ponieważ wpisywanie długich ścieżek mnie nudzi, przygotowałem mały skrypcik o nazwie w2l, umieszczony w /usr/local/bin, o treści:

#!/bin/bash
java -jar /usr/local/bin/writer2latex/writer2latex.jar $PWD/$1 $PWD/$2

I teraz wystarczy uruchomić Writer2Latex poleceniem:

w2l plik.odt plik.tex

Strona domowa programu: http://writer2latex.sourceforge.net/

Krótki wpis dnia 05.06.2009

2009-06-05T20:52:00.000+02:00

Dzisiejszy wpis to będzie taki mały misz-masz.

NVIDIA wydała kolejną wersję sterownika dla systemów uniksowych do swoich kart graficznych. Nowa wersja - 180.60 - naprawia głównie znalezione w poprzednich wydaniach błędy.

Firma Google zrobiła "straszną" rzecz - dnia 4 czerwca nie zmieniła loga wyszukiwarki na bardziej Solidarnościowe. Czym wzbudziła zdziwienia lub dezaprobatę co najmniej kilku portali i autorów blogów.

Prof. Adam Gierek obwołał się samozwańczo ambasadorem wolnego oprogramowania w naszym kraju i stworzył nawet własną wersję płyt dystrybucji Ubuntu, oczywiście ze swoim zdjęciem na okładce (ciekawe co na to Canonical). Biorąc pod uwagę, że w niedzielę są wybory, a pan A. Gierek w nich kandyduje...

Od Karol Kozioł

Karta jako oddzielny proces - Webbie

2009-05-11T02:23:00.000+02:00

Deweloperzy Firefoksa i Internet Explorera pozazdrościli Google Chrome kart jako oddzielnych procesów i postanowili wprowadzić takie funkcje we własnych przeglądarkach.

Co ciekawe, już ponad miesiąc temu Ivan Čukić przedstawił na swoim blogu (tu i tu) projekt przeglądarki "chromopodobnej" o nazwie Webbie, opartej o Qt i Webkit, w której każda karta pracowałaby jako oddzielny proces. Niestety Ivan nie ma zamiaru rozwijać projektu, ale można mieć nadzieję, że być może doczekamy się takiej funkcjonalności w Konquerorze lub Rekonq.

3 sposoby na niestandardowe ścieżki programów wykonywalnych

2009-05-11T01:37:00.000+02:00

Czasami zdarza się (rzadko, ale jednak) korzystać z programów znajdujących się w niestandardowym miejscach - ani w /bin, ani w /usr/bin, ani nawet w /usr/local/bin tylko w jakimś katalogu o przydługawej ścieżce typu: /katalog1/katalog2/katalog3/program. Na przykład na ostatniej pracowni komputerowej uruchamialiśmy Gromacsa poleceniem /opt/Apps/GROMACS/i686-pc-linux-gnu/bin/grompp_d, które do najkrótszych nie należy. Czy jest na to rada? Oczywiści, że jest. Po kilku minutach znalazłem aż trzy!

Sposób pierwszy - stworzenie aliasu

Wystarczy do pliku ~/.bashrc dodać następującą linijkę:

alias program="/katalog1/katalog2/katalog3/program"

Sposób drugi - linkowanie symboliczne

Czyli wydajemy w konsolce polecenie:

ln -s /katalog1/katalog2/katalog3/program /usr/bin/program

/usr/bin jest jedną z domyślnych ścieżek przy poszukiwaniu poleceń, więc wpisanie w konsoli polecenia program powinno nam go uruchomić. Niestety, aby operować na /usr/bin należy mieć uprawnienia roota.

Sposób trzeci - dodanie odpowiedniej ścieżki do zmiennej PATH

Wystarczy dodać do ~/.bashrc linijkę o treści:

export PATH="$PATH:/katalog1/katalog2/katalog3/"

Zmiany w repozytoriach KDE4 dla openSUSE

2009-04-26T17:56:00.000+02:00

Uwaga! Jak donoszą Will Stephenson i Martin Schlander szykują się zmiany w repozytoriach KDE4 dla openSUSE.

Pakiety KDE 4.3 beta zostaną w ciągu około 2-3 tygodni przeniesione do repozytorium KDE:KDE4:Factory:Desktop

Stabilne pakiety KDE 4.2 będą znajdować się w nowoutworzonym repozytorium KDE:42

Zostało utworzone nowe repozytorium KDE:/KDE4:/Playground w którym będą znajdować się wczesne snapshoty aplikacji KDE4

Repozytoria Extra-Apps zostaną zlikwidowane, a pakiety wchodzące w ich skład zostaną przeniesione do repozytoriów KDE4:/Community/ lub KDE4:/Playground

Szykuje się zmiana nazewnictwa pakietów zawierających analogiczne komponenty KDE3 i KDE4. Dotychczasowo pakiety KDE3 były oznaczane nazwą bez prefiksu, natomiast pakiety KDE4 nazwą z prefiksem kde4 (np. amarok i kde4-amarok). Teraz będzie odwrotnie, to jest pakiety KDE4 będą oznaczane nazwą bez prefiksu, natomiast pakiety KDE3 będą oznaczane nazwą z prefiksem kde3 (np. kde3-digikam). Programy KDE3 znajdują się w repozytorium KDE:/KDE3.

Adresy nowych repozytoriów znajdują się na stronie http://en.opensuse.org/KDE/Repositories

Wszystkie te zmiany są spowodowane oczywiście rosnącą popularnością KDE4 oraz zbliżającym się powoli wydaniem KDE 4.3.

Konwersja plików tekstowych z Windows do Linuksa - problem końca linii

2009-04-25T16:10:00.000+02:00

Potrzeba matką wynalazku. Na zajęciach z Symulacji Komputerowych kazano nam tworzyć pliki inputowe do Gaussiana pod Windowsem i następnie wczytywać je (tzn. oczywiście Gaussian je wczytywał) pod Linuksem. Niestety nie wczytywały się poprawnie ponieważ Windows i Linux inaczej zapisuje i interpretuje koniec linii (otóż pod Windowsem koniec linii jest oznaczany tzw. znakiem carriage return, zwanym po polsku znakiem powrotu karetki). Zaistniała zatem potrzeba konwersji plików tekstowych z Windows do Linuksa - a dokładniej tylko konwersji znaku końca linii. Najprościej byłoby użyć programu dos2unix, niestety nie na swoim serwerze nie mam możliwości instalacji oprogramowania. Poszperałem trochę po sieci i znalazłem ciekawą stronę opisującą rozwiązanie problemu - How do I convert between Unix and Windows text files?.

Najprostsze wydawało mi się użycie tr. Aby usunąć z pliku tekstowego Windowsowe znaki końca linii należy wydać polecenie:

tr -d '\15\32' < winfile.txt > unixfile.txt

Teraz wystarczyło tylko zrobić prosty skrypcik:

#!/bin/bash
cp $1 $1.tmp
rm $1
tr -d '\15\32' < $1.tmp > $1
rm $1.tmp
clear

i uruchomić go poleceniem:

./kkl plik.inp

i wszystko gra :-)

Alternatywą jest posłużenie się programem awk.

Konwersja pliku Windows->Linux:

awk '{ sub("\r$", ""); print }' winfile.txt > unixfile.txt

Konwersja pliku Linux->Windows:

awk 'sub("$", "\r")' unixfile.txt > winfile.txt

Sterownik NVIDII 180.51

2009-04-24T17:04:00.000+02:00

21 kwietnia 2009 roku NVIDIA wydała kolejny uniksowy sterownik do kart graficznych - tym razem o numerze 180.51. Dodano wsparcie dla kart GeForce 9600 GSO 512, GeForce 9400 GT, GeForce GTS 250, GeForce GT 140 i GeForce GT 130. Oczywiście poprawiono wiele błędów, m.in. związanych z OpenGL, VDPAU, notebookiem Fujitsu Celsius H270 oraz obsługą kart z serii GeForce 9. Programik nvidia-bug-report.sh potrafi teraz generować skompresowane w formacie .gz logi.

Wersja gamma...

2009-04-09T14:09:00.000+02:00

...czyli permanentna beta, albo o programach które nie mogą dorosnąć do 1.0...

Dawno, dawno temu... reguły były proste:

Wersja 0.x - wersja oprogramowania która jest jeszcze za mało funkcjonalna / stabilna do używania przez końcowego użytkownika (wersje alpha, beta, RC itp.)

Wersja 1.0 - wersja stabilna, przeznaczona dla końcowego użytkownika, charakteryzująca się pełną funkcjonalnością w założonych przez programistę ramach

A teraz kilka faktów:

Gmail od 5 lat istnieje w wersji beta. Mimo to korzystają z niego miliony użytkowników (w tej chwili około 30 mln osób).

Wine dopiero po 15 latach doczekało się wersji 1.0

Kadu istnieje od prawie 8 lat, uznawane jest często za najlepszy komunikator GG na świecie, a mimo to nie doczekało się jeszcze wersji 1.0

Z łatwością znalazłoby się jeszcze kilka przykładów.

Ja nie wiem, ale czy programiści mają jakieś opory przed nadawaniem oprogramowaniu magicznej cyferki 1.0? A może mają za duże wymagania i nawet jeśli dana wersja jest używalna (i używana), to oni uważają ją za zbyt mało funkcjonalną by nosić miano wersji stabilnej? Kiedyś wersja 1.x była uznawana za używalną i rozprowadzana. Używalna - to znaczy charakteryzująca się funkcjonalnością taką którą program powinien się charakteryzować. Czyli przeglądarka WWW powinna wyświetlać strony a odtwarzacz wideo powinien odtwarzać pliki wideo. Teraz używalne i rozprowadzane są programy o wersjach 0.x albo nawet 0.0.x, czyli wersje alpha/beta. Przykładem jest Rekonq, obecnie w wersji 0.0.4 - i działa (i aż tak bardzo nie różni się od Arory 0.6, tzn. też wyświetla strony). Kiedyś wersja 0.0.4 nazwana by była pre-pre-alphą i nikt poza deweloperem by jej nie widział. A dlaczego Gmail nadal posiada status beta? Przecież działa dobrze. A że ciągle się rozwija? Każde oprogramowanie się rozwija - po wersji 1.x następuje 2.x, potem 3.x itd.

Proponuje zatem te programy/projekty które ociągają się z ogłoszeniem się wersjami stabilnymi, mimo, że na zdrowy rozum są już stabilne i funkcjonalne, ochrzcić wersjami gamma. Na przykład Gmail Gamma ;-)

Błędy w QT 4.5

2009-04-05T17:58:00.000+02:00

Stosunkowo niedawno w repozytoriach openSUSE pojawiła się wersja 4.5.0 biblioteki QT. Jako że lubię testować nowe oprogramowania, więc oczywiście wykonałem update Qt z wersji 4.4.3. Okazuje się jednak, że połączenie KDE 4.2 + Qt 4.5 nie jest (jeszcze) najlepszym połączeniem. Biblioteka Qt 4.5.0 przyniosła ze sobą bowiem dwa uciążliwe błędy - jeden poważny, a drugi, hmmm... mniej poważny.

A oto one:

Błąd w przekazywaniu nazwy pliku zawierającego znaki nie-ascii (czyli np. polskie znaki diakrytyczne) między programami KDE4. Na przykład: jeśli na dysku mamy plik załącznik.pdf i chcemy go otworzyć w Okularze klikając nań w Dolphinie to dostaniemy komunikat o błędzie podczas otwierania. Jednakże jeśli najpierw uruchomimy Okulara i dopiero wtedy wczytamy plik za pomocą menu Plik->Otwórz, to wszystko będzie dobrze (brak komunikatu o błędzie, plik został otworzony). Podobnie miałem gdy chciałem otworzyć za pomocą Gwenview plik Zdjęcia/img_001.jpg (tym razem w nazwie katalogu znajdowały się znaki nie-asci). Jest to błąd poważny. Na szczęście został już rozpoznany i zgłoszony na bugs.kde.org (chociażby tutaj) i mam nadzieję, że niedługo zostanie całkowicie naprawiony.

Niemożność zalogowania się do GMaila za pomocą Konquerora - to jest błąd mniej poważny. Wprawdzie Konqueror nigdy nie był w pełni obsługiwaną przez usługi Google przeglądarką, ale zawsze dało się z GMaila korzystać w trybie podstawowym. Tym bardziej zdziwiłem się, że udało się to "popsuć".

Wersja 4.5 biblioteki Qt zawiera wiele interesujących innowacji (np. porządne wsparcie dla WebKit - obsługa flash), dlatego mam nadzieję, że już niedługo wersja ta będzie na tyle "dorobiona", że będzie można jej używać na co dzień.

Kolejny sterownik NVIDII - 180.44

2009-03-31T18:49:00.000+02:00

NVIDIA ostatnio wydaje sterowniki dla systemu Linux z szybkością karabinu maszynowego ;-) Wczoraj została wypuszczona kolejna wersja sterowników, oznaczona numerem 180.44. Wydanie to wprowadza wsparcie dla nowych kart graficznych: Quadro FX 3800, Quadro FX 3700M, Quadro FX 1800, Quadro FX 580, Quadro FX 380, Quadro NVS 295, GeForce GT 120, GeForce G100.

Z większych zmian:

poprawiono obsługę i wydajność OpenGL 3.0 (m.in dodano wsparcie "RG renderbuffers" i "Floating-point depth buffers")

dodanie do VDPAU funkcji "skip chroma deinterlace" oraz wsparcia dla akceleracji WMV/VC-1 i poprawa działania dla kodeków H.264 i MPEG

lepsze zarządzanie energią na niektórych maszynach

Poprawiono również wiele błędów, również błędów stabilnościowych. Użytkowników KDE 4.x z pewnością ucieszy fakt, iż poprawiono błędy z wyświetlaniem plazmoidów korzystających z OpenGL 3.0

Pełna lista zmian znajduje się na stronie NVIDII.

PS. Nie tłumaczę tutaj z angielskiego niektórych nazw funkcji, bo nie jestem specjalistą w tej dziedzinie a nie mam zamiaru tworzyć potworków językowych.

10 dróg do gładkiego przejścia na Linuksa

2009-03-29T23:37:00.000+02:00

Dwa dni temu na ZDNet.co.uk pojawił się artykuł pt. Ten ways to smooth the switch to Linux. Wprawdzie artykuł nie jest specjalnie odkrywczy i rewolucyjny, ale pozwoliłem sobie zgrubsza i pokrótce przetłumaczyć ważniejsze tezy.

Tak więc mamy małą firmę i chcielibyśmy przesiąść się na darmowy i bezpieczny system zwany GNU/Linuksem, jednak obawiamy się oporu pracowników - dotychczasowych użytkowników Windowsa. Co robić? Jack Wallen (autor artykułu) podaje nam 10 propozycji ułatwiających migrację. Moje komentarze są zaznaczone tekstem pochyłym.

Tak więc jak to szło...

Upodobnij środowisko graficzne do Windowsa. - Może użytkownik nie zauważy dużej różnicy, szczególnie jeśli wmówi się mu, że to tylko nowy zestaw ikonek ;-)

Przed migracją używaj na Windowsie tych samych, znanych aplikacji, których później możesz używać także pod Linuksem; np. Firefox i Open Office - Jak wiadomo OS OS-em, ale tak naprawdę człowiek przyzwyczaja się do konkretnych aplikacji związanych z danym systemem operacyjnym.

Wybierz dystrybucję odpowiednią dla początkujących. - Pod warunkiem, że to pracownik będzie dokonywał czynności administracyjnych. Bo jeśli nie to do pracy można dać mu zamaskowane Gentoo/Slackware ;-)

Pozwól użytkownikom pobawić się Linuksem zanim będą go używać w pracy. Na przykład przygotuj specjalną maszynę z Linuksem, by pracownicy poznali system zanim będą musieli na nim pracować.

Usuń narzędzia administracyjne z menu. Nadmiar narzędzi administracyjnych może tylko zawrócić nowemu użytkownikowi Linuksa w głowie. - Zwykły użytkownik nie będzie i tak tego używał, a i przestraszyć się może ;-)

Zainstaluj Adepta. - Ale to stosuje się tylko dla dystrybucji opartych o APT...

Zapewnij użytkownikom drukowane instrukcje i podręczniki - Pewnie nikomu nie chce się czytać manuali w pdf-ach, a taką książkę to można do łóżka wziąć i o Linuksie poczytać...

Pokazuj ciekawe screencasty o użytkowaniu Linuksa.

Zachęcaj do wchodzenia na linuksowe fora dyskusyjne i listy mailingowe.

Zachęcaj pracowników do instalacji Linuksa w domu i pomóż im w tym. Dzięki temu szybciej oswoją się z systemem. - Jak wiadomo najwięcej uczymy się gdy nie musimy pracować...

Gluon - biblioteka KDE dla gier 2D

2009-03-29T21:54:00.000+02:00

Łączeniu i standaryzacji w KDE nie ma końca ;-) Najpierw był Phonon zbierający z całość system zarządzania multimediami, oraz Solid od integracji sprzętu. Niedawno zaś powstał Gluon (osobiście nazwa brzmi mi bardzo swojsko, ponieważ nieco się interesuje cząstkami elementarnymi). Gluon jest biblioteką KDE stworzoną specjalnie do gier 2D.

Gluon powstał z połączenia trzech (hmm, teraz wiem skąd wzięła się jego nazwa...) bibliotek: KGLEngine, KALEngine i KCLEngine i bazuje również na trzech filarach: OpenGL do renderowania grafiki 2D, OpenAL do zarządzania dźwiękiem oraz Box2d jako silnik interakcji fizycznych.

Więcej informacji znajduje się na stronie domowej Gluona. Tamże znajdują się także filmiki prezentujące jego możliwości.

Test szybkości przeglądarek linuksowych

2009-03-23T14:02:00.000+01:00

Ponieważ ostatnimi czasy firma Futuremark (odpowiedzialna za słynny benchmark 3DMark) udostępniła w sieci nowy benchmark szybkości / wydajności przeglądarek, to jest Futuremark Peacekeeper, postanowiłem zbadać szybkość dostępnych mi przeglądarek linuksowych, tj. używanego na co dzień przeze mnie Konquerora 4.2.1, Firefoksa 3.0.1 oraz Operę 10alpha.

Wspomniany Peacekepper jest o tyle ciekawy, że oprócz testowania wybranych fragmentów funkcjonalności przeglądarek (tak jak to robi większość internetowych testów), podchodzi do sprawy kompleksowo. Szczególnie ciekawe są "real life example", czyli przykłady z życia wzięte - testowanie przeglądarki w typowych sytuacjach działania, np. poruszanie się po portalu społecznościowym. Oczywiście nie będę przywiązany tylko do Peacekeppera i podam wyniki kilku innych testów znalezionych w sieci.

Środowisko testów:
openSUSE 11.0
KDE 4.2.1
AMD Athlon 64bit 2.4 GHz
1 GB RAM

Wyniki testów:

Futuremark Peacekeeper (im więcej tym lepiej)
Konqueror: 411 pt.
Firefox: 322 pt.
Opera: 475 pt.

Pussycat Browser Performace Test (im mniej tym lepiej)
Konqueror: 59 s
Firefox: 211 s
Opera: 29 s

Mesh Transform Benchmark (im mniej tym lepiej)
Konqueror: 1308 ms
Firefox: 626 ms
Opera: 1051 ms

Core DOM Performance (im mniej tym lepiej)
Konqueror: 244 ms
Firefox: 1355 ms
Opera: 373 ms

CSS benchmark test (im mniej tym lepiej)
Konqueror: 16 ms
Firefox: 47 ms
Opera: 15 ms

A na deser Acid3Test (wiem, że to nie jest test wydajnościowy, ale...) / (im więcej tym lepiej)
Konqueror: 82%
Firefox: 71%
Opera: 100%

Wyniki zostawiam do samodzielnej interpretacji. Mnie zastanawia tylko niska wydajność Firefoksa.

Kile 2.1

2009-03-06T03:17:00.000+01:00

Stosunkowo niedawno pojawiła się wersja 2.1 programu Kile - edytora LaTeX-a dla środowiska KDE (wersja 2.1 dedykowana jest KDE 4). A dokładniej wpadła mi w ręce wersja 2.0.81, czyli wersja beta 2.1. Nie omieszkałem jej przetestować pokrótce - szczególnie, że po przesiadce na KDE 4 brakowało mi kilku aplikacji, które nie zostały jeszcze pomyślnie "zczwórkowane", tj. Krusader (już jest), Amarok (jest, ale taki jakoś...), K3B i wreszcie Kile.Przy testowaniu nie zawiodłem się - Kile pozostał bardzo dobrym (jeśli nie najlepszym) edytorem LaTeX-a. Odświeżono trochę interfejs - na pasku narzędziowym pogrupowano podobne zadania, np. Kompiluj za pomocą LaTeX, PdfLaTeX... czy też View PDF, DVI, PS... w jeden przycisk z rozwijanym menu (który jednak zapamiętuje ostatnio wybraną opcję). Na początku trudno mi było się do tego przyzwyczaić, ale w końcu uznałem to za wygodną zmianę.

Nowe Kile ma też, mam nadzieję że tymczasowo, minusy. Po pierwsze - nie wiem dlaczego domyślnie nie jest uruchomione kolorowanie składni TeX-a (chociaż taka opcja jest w menu), przez co za każdym razem muszę je aktywować ręcznie. W końcu Kile jest domyślnie programem do edycji plików TeX-a. Po drugie i trzecie - mniej ważne - Kile jeszcze nie jest spolszczony (ale to pewnie kwastia czasu) oraz raz czy dwa mi wywalił się. Poza tym uważam, że jest to miły programik, i może wkrótce przestawię się z Kile 2.0 (z KDE 3) na Kile 2.1 (z KDE 4).

Od Karol Kozioł

Zamiana wzorów LaTeX-a na obrazki: Ekee i Laeqed

2009-02-12T02:52:00.000+01:00

Ci, którzy używają LaTeX-a do składania tekstów, z pewnością wiedzą, jakie możliwości daje on w dziedzinie generowania wzorów matematycznych, nawet tych bardzo skomplikowanych. Czasami chciało by się użyć składni 'latex-owej' do wygenerowania wzoru/równania jako obrazka, który ze względu na swoją uniwersalność może oglądnięty przez każdego. Do głowy przychodzą mi dwie główne zastosowania generowania wzorów jako obrazki:

Umieszczanie wzorów na stronie WWW
Potrzeba przesłania komuś równania via mail/komunikator (bo np. tłumaczymy komuś zadanie z matematyki/fizyki, a wpisywanie wzorów w postaci samych literek i cyferek może prowadzić do niepewności odczytu)

Buszując po sieci znalazłem dwie aplikacje mogące sprostać w/w zadaniu: Ekee i Laeqed.Pierwsza z nich - Ekee - jest skryptem Ruby. Po ściągnięciu z odpowiedniej strony możemy uruchomić ją poleceniem:

ruby ekee

Ekee pozwala na eksport naszego wzoru do formatów PNG, EPS, PDF i SVG. Inną ciekawą, a pożyteczną opcją jest możliwość przeciągnięcia wzoru od razu we właściwe miejsce. To jest możemy przeciągnąć nasz wzór do menedżera plików (w moim przypadku jest to Dolphin) gdzie zostanie zapisany jako plik PNG; lub też do okna kompozycji wiadomości e-mail KMaila gdzie zostanie dodany jako załącznik. Można też przeciągnąć wzór do składowych OpenOffice (Writer, Impress), gdzie również zostanie wstawiony jako obrazek.

Od Karol Kozioł

Druga z testowanych przeze mnie aplikacji - Laeqed - jest apletem Javy. Tak więc po ściągnięciu z odpowiedniej strony możemy uruchomić ją poleceniem:

java -jar Laeqed.jar

Laeqed jest prostszą (i wolniejszą) aplikacją niż Ekee. Potrafi zapisywać obrazki tylko do formatu PNG. Posiada za to bogaty zestaw symboli do wstawienia. Trochę denerwujące dla mnie było w Laeqed to, że aby wygenerować obrazek po napisaniu wzoru w składni TeX-a należy za każdym razem wcisnąć Ctrl+Enter. Wolałbym automatyczne generowanie, tak jak w Ekee.

Od Karol Kozioł

Na koniec dodam jeszcze, że mój ulubiony komunikator Kopete posiada specjalną wtyczkę do generowania obrazków wzorów ze składni LaTeX-owej. Zwie się ona KopeTeX. Z tego co wiem, to Pidgin też posiada analogiczną wtyczkę.Linki:

Angielski dla chemika kwantowca

2009-01-20T03:31:00.003+01:00

Kilka wyrażeń z mechaniki kwantowej po angielsku i polsku. Na razie nie jest tego dużo, ale postaram się to rozbudować w wolnych chwilach.

particle	cząstka
free particle	cząstka swobodna
quantization	kwantyzacja
eigenvector	wektor własny
eigenfunction	funkcja własna
eigenvalue	wartość własna
eigen-equation	równanie własne
boundary conditions	warunki brzegowe
momentum	pęd
angular momentum	moment pędu
position operator	operator polożenia
momentum operator	operator pędu
angular momentum operator	operator momentu pędu
commutator	komutator
time-dependent	zależny od czasu
time-independent	niezależny od czasu
perturbation theory	teoria zaburzeń
variational method	metoda wariacyjna
self-consistent field method	metoda pola samouzgodnionego
configuration interaction method	metoda oddziaływania konfiguracji
coupled cluster method	metoda sprzężonych klasterów
probability amplitude	amplituda prawdopodobieństwa
ground state	stan podstawowy
excited state	stan wzbudzony
self-adjoint operator	operator samosprzężony
overlap integral	całka nakładania (nakrywania)
cross section	przekrój czynny
fluorescence yield	wydajność fluorescencyjna

Linux dla chemika, cz. 2 - SciDAVis

2008-10-16T16:11:00.006+02:00

SciDAVis, czyli application for Scientific Data Analysis and Visualization, jest zgodnie z nazwą wolnym programem do analizy i wizualizacji danych naukowych.

Po co i dla kogo?

Dla wszystkich którzy potrzebują programu do analizy danych doświadczalnych. Dla naukowców z dziedziny nauk ścisłych i przyrodniczych, dla studentów tychże nauk, i dla innych zainteresowanych.

Aplikacji do analizy i wizualizacji danych naukowych pod GNU/Linuksa jest wiele, ale aplikacji w stylu Origina (chyba najlepszy windowsowy program do analizy naukowej, niestety bardzo drogi) tylko trzy: LabPlot, QtiPlot i SciDAVis. LabPlot, chociaż wydaje się najbardziej rozbudowany i ma polską lokalizację, zraził mnie do siebie tym, iż nie zamierzał współpracować (tj. nie wykrywał) z biblioteką GSL (GNU Scientific Library), mimo tego, że starałem mu się to ułatwić. QtiPlot z kolei zraził mnie zbyt nachalnymi prośbami o wsparcie finansowe dla autorów projektu (przy każdym uruchomieniu programu uruchamiała mi się przeglądarka ze stosowną stroną internetową zawierającą prośbę o datek). SciDAVis, który z kolei powstał jako fork QtiPlot'a pozbawiony jest tych mankamentów, i dzięki temu zyskał moje uznanie. Aktualna wersja programu to 0.1.3 (czyli jest dość ''młody'').
PS. Na dzień 11-11-2011 aktualna wersja programu to 0.2.4

Co SciDAVis potrafi?

A trochę tego jest, a mianowicie:

Operacje na tabelach i macierzach
Analiza statystyczna i obróbka wstępna wyników
Wizualizacja wyników w postaci wykresów 2D i 3D
Import danych z plików tekstowych ASCI oraz z plików .opj (Origin Pro 7.5)
Dopasowanie krzywych do danych doświadczalnych (tzw. fitowanie)
Wygładzanie krzywych
Transformacja Fouriera (FFT)
Korelacja i autokorelacja danych
Konwolucja i dekonwolucja danych
Język skryptowy muParser

Jak to zrobić? Czyli krok po kroku.

Dane

Import danych --
Dane doświadczalne można wprowadzać ręcznie z klawiatury, ale jest to robota czasochłonna. Najczęściej mamy doczynienia z danymi zapisanymi przez inny program w pliku tekstowym.
Tak więc wybieramy z menu File -> Import ASCI. Pojawia się okienko jak na rysunku 1.

Rys 1. Import danych z pliku tekstowego.

Następnie musimy wybrać: plik do importu, miejsce gdzie powinny znaleźć się zaimportowane dane (nowa tabela, nowa kolumna w aktywnej tabeli - opcja ''Import each file as''), separator danych (spacja, tabulator, przecinek, średnik, lub ich kombinacje) i separator dziesiętny (polski przecinek lub angielska kropka). Przydatne jest też zaznaczenie opcji ''Simplifity white spaces'' (traktowanie wielu spacji jak jednej) oraz ''Remove white spaces from line ends'' (usuwa dodatkowe spacje z końca linii). Niezaznaczenie tych opcji może spowodować utworzenie w zaimportowanej tabeli z danymi dodatkowych pustych kolumn, a to przecież nikomu nie potrzebne.

Przechowywanie i edycja danych --
SciDAVis w ogólności potrafi przechowywać dane w postaci tabel i macierzy. Nikomu chyba nie muszę tłumaczyć czym się różni tabela od macierzy. W odróżnieniu od tabel, na macierzach można wykonywać pewne specyficzne operacja, jak np. obliczanie wyznacznika, transpozycja i odwracanie macierzy. Możliwa jest konwersja tabeli do macierzy.

SciDAVis wymaga oznaczeń kolumn w tabeli ze względu na to jaki rodzaj informacji zawierają: X (oś odciętych na wykresie), Y (oś rzędnych), Z, X error lub Y error (błędy X lub Y). Należy uważać na oznaczenie rodzaju danych, ponieważ program np. nie pozwoli nam na stworzenie wykresu z dwóch serii danych oznaczonych jako Y. Rodzaj danych ustawia się (jeśli nie odpowiada nam ustawienie domyślne) zaznaczając kolumnę i wybierając odpowiednią opcję z pozycji Set As z menu podręcznego.

Kolumnę można też wypełnić wartościami zależnymi od wartości w innej kolumnie. Robi się to podobnie jak w arkuszu kalkulacyjnym, czyli wpisując odpowiednią formułę. Aby np. w kolumnie 4 znalazły się wartości sinusów liczb znajdujących się w kolumnie 1, to postępujemy następująco: zaznaczamy kolumnę 4 i z menu podręcznego wybieramy ''Set Column Values''. Następnie w odpowiednim polu (rysunek 2) wpisujemy formułę, w naszym przypadku będzie to: col(''4'')=sin(col(''1'')).

Rys 2. Okienko wpisywania formuły do kolumny.

Dodatkowo można wypełnić kolumnę numerami wierszy (wybieramy z menu podręcznego Fill Column With -> Row Numbers) lub liczbami losowymi (Fill Column With -> Random Values).

Często ważne dane znajdują się w dzienniku zdarzeń (menu View -> Results log). Lądują tam na przykład informacje o współczynniku regresji, wyznaczniku macierzy i inne dodatkowe informacje o naszych działaniach.

Wstępna analiza danych --
Jeśli już wprowadziliśmy dane, to można zacząć je analizować. Często wymagają jednak wstępnej obróbki. Do wstępnych działań może należeć sortowanie danych lub ich normalizacja. Aby dokonać normalizacji wystarczy zaznaczyć kolumnę z interesującymi nas danymi i z menu podręcznego wybrać ''Normalize''. Podobnie można dokonać sortowania danych (pojedynczej kolumny lub też całej tabeli względem danej kolumny), lub też wykonać statystykę dla danej kolumny (średnia, odchylenie standardowe, wariacja, wartość najmniejsza i największa).

Wizualizacja danych --
Danych naukowych nie przedstawia się w postaci surowej, lecz wizualizuje się je w postaci ładnych wykresów. SciDAVis oferuje bogaty zestaw narzędzi do tworzenia i edycji wykresów. Do dyspozycji są wykresy 2D, 3D i statystyczne (histogram, wykres kołowy).
Aby stworzyć wykres należy po prostu zaznaczyć kolumny z seriami danych i następnie z menu Plot (głównego lub podręcznego) wybrać interesujący nas typ wykresu. Wykreowany w ten sposób wykres można edytować. Wszystkie potrzebne opcje znajdują się w menu podręcznym pod prawym przyciskiem myszki lub też dają się aktywować po dwukliku na odpowiedni fragment wykresu (np. dwuklik na oś X otwiera okienko z edycją parametrów tej osi).

Rys 3. Opcje wizualizacji serii danych.

W menu podręcznym mamy na przykład pozycję Properties odpowiedzialna za ustawienia wizualizacji serii danych (kolorki, kształt i wielkość symboli i tym podobne).

Do wykresu możemy dodać następną serię danych (opcja Add/Remove Curve z menu podręcznego) lub też umieścić na nim wykres funkcji analitycznej (opcja Add Function z menu podręcznego). Problemem nie jest też edycja tytułu wykresu lub jego legendy. Program dobrze obsługuje polskie znaki oraz symbole greckie.

SciDAVis obsługuje warstwy wykresu (coś podobnego do warstw obrazu w programach graficznych), odpowiednie opcje znajdują się w menu Graph (tamże znajduje się też kilka ciekawych pozycji, np. wstawianie obrazów lub strzałek), co pozwala tworzyć naprawdę skomplikowane wykresy.

Rys 4. Przykładowy wykres 2D.

W menu podręcznym znajduje się też pozycja Analyze (odpowiada mu menu Analysis w menu głównym), która zawiera wiele opcji analitycznych.
W wypadku przedstawiania danych doświadczalnych często wygładza się je. Aby zrobić to samo w programie SciDAVis należy sięgnąć do podręcznego menu Analyze (lub menu Analysis na pasku głównym) i wybrać opcję Smooth. Znajdują się tam algorytmy wygładzania, na czele z chyba najpopularniejszym algorytmem Savitzky'ego-Golay'a.

Analiza danych

Dopasowanie krzywych do danych doświadczalnych --
Dalej zajmujemy się menu Analyze. Z jego poziomu mamy bowiem możliwość uruchomienia algorytmów odpowiedzialnych za dopasowanie zadanej krzywej analitycznej do danych doświadczalnych (co określane jest krótkim angielskim słówkiem fit, często jednak używanym w Polsce).

Rys 5. Przykład dopasowania krzywej analitycznej do danych doświadczalnych.

Spośród dostępnych opcji dopasowujących mamy do dyspozycji fitowanie liniowe, wielomianowe, funkcją eksponencjalną, funkcją Gaussa i Lorentza. Zaś dla bardziej zaawansowanych dano do dyspozycji moduł o nazwie Fit Wizard, który pozwala na stworzenie własnej funkcji fitującej.

Analiza fourierowska FFT --
Transformata Fouriera jest wykorzystywane w wielu dziedzinach fizyki i informatyki, ale przede wszystkim w teorii analizy i przetwarzania sygnałów. Nie wdając się zbytnio w rozważania matematyczne, za pomocą transformaty Fouriera można na przykład transformować funkcję sygnały zależnego od czasu na funkcję sygnału zależnego od częstotliwości.

FFT to skrót od Fast Fourier Transformation, czyli Szybka Transformacja Fouriera. Jest to algorytm liczenia dyskretnej transformaty Fouriera oraz transformaty do niej odwrotnej.

Ale dość już wstępu. Aby wykonać FFT na serii danych znów wchodzimy do menu Analyze i wybieramy pozycję FFT. Na rysunku nr 6 przedstawiłem przykładowy wynik takiej operacji na funkcji próbnej.

Rys 6. Przykład analizy FFT danych.

Podsumowanie

Osobiście uważam SciDAVis za dobry, darmowy program do analizy i wizualizacji danych. Może nie ma tylu opcji co jego komercyjni konkurenci (Origin i SigmaPlot), ale pracuje się z nim wygodnie i do moich zastosowań wystarczy. Program się cały czas rozwija i mam nadzieję, że autorzy wywiążą się ze swoich planów przedstawionych na drogowej mapie rozwoju. Przydałby się przede wszystkim dobry importer plików projektu Origina. Ciekawi mnie też, kiedy powstanie wersja 1.0 programu. Wine czekało z tym aż 15 lat... ;-)

Alternatywy (4)

A oto alternatywne oprogramowanie:

Origin \\ Platforma: Windows \\ Cena: 950 USD (Origin 8 ), 1500 USD ( OriginPro 8 )
SigmaPlot \\ Platforma: Windows \\ Cena: 749 USD
QtiPlot \\ Platforma: Windows, Linux, MacOS, FreeBSD \\ Cena: źródła dla Linuksa - darmowe, binarki - 20 EURO
LabPlot \\ Platforma: Linux, MacOS \\ Cena: darmowy

Odnośniki:

Strona domowa SciDAVis
Podręcznik użytkownika (j. angielski)

Artykuł ten, mojego autorstwa, został po raz pierwszy zamieszczony w czasopiśmie Dragonia Magazine

Linux dla chemika, cz. 1 - Chemtool

2008-10-09T17:13:00.008+02:00

Chemtool jest prostym i wygodnym programem do graficznej wizualizacji cząsteczek chemicznych w 2D.

Swego czasu, gdy musiałem narysować kilka wzorków związków chemicznych, szukałem dobrego programu do wizualizacji graficznej cząsteczek. Po przeszukaniu sieci i repozytoriów oprogramowania, oraz przetestowaniu kilku programów (m.in. Xdrawchem), mój wybór padł na Chemtool. Jest to bardzo dobry program do rysowania wzorów dwuwymiarowych cząsteczek chemicznych. Niestety program nie oferuje wizualizacji 3D dla cząstek, aczkolwiek to w zupełności nie przeszkadza, albowiem większość wzorów w literaturze jest jednak dwuwymiarowa. Chemtool szczególnie dobrze sprawdza się przy kreowaniu uproszczonych, półstrukturalnych wzorów związków organicznych, gdyż za pomocą kilku(nastu) ruchów myszki można narysować poprawnie związek.

Interfejs programu jest prosty i wygodny, a wszystkie jego elementy zgrupowane są na górnym pasku narzędziowym (patrz obrazek na następnej stronie). Na początku należy wybrać rodzaj linii rysującej (wiązanie pojedyncze, podwójne, potrójne, linia przerywana, przestrzennie pogrubiona i wiele innych), a następnie kąt między wiązaniami (możliwe są wielokrotności 18, 30, 36, 45 stopni oraz krzywe Beziera). Gdy zaczniemy rysować linię to w punkcie startu pojawia się takie kółko w zaznaczonymi automatycznie kątami, co pozwala równo rysować. Oczywiście można też rysować pod dowolnym kątem, ale estetyczniej jest mieć już sprecyzowane kąty między wiązaniami. Nie mówiąc już o cząsteczkach z hybrydyzacją sp2 (np. etylen, benzen), gdzie kąty między wiązaniami muszą mieć 120°. Pomocne w rysowaniu skomplikowanych związków są liczne szablony (patrz na następnej stronie), zawierające główne szkielety związków organicznych (pierścienie aromatyczne, układ steroidowy, cukry w formie piranozy, furanozy i rzucie krzesełkowym). Wiele bowiem związków organicznych korzysta z tego samego szkieletu, zmieniając tylko niektóre grupy funkcyjne. Tak więc niewielka jest różnica między morfiną (lek przeciwbólowy i narkotyk), heroiną (twardy narkotyk) i kodeiną (środek na kaszel).

Wzór Hawortha dla glukozy narysowany za pomocą Chemtool

Osobną kwestią którą należało by omówić jest narzędzie zaznaczania. Po zaznaczeniu całej cząsteczki lub jej części (co objawia się niebieskim kolorem, zamiast standardowego czarnego) można zaznaczony fragment przenosić, obracać, odbijać lustrzanie, kopiować oraz usuwać. Zaznaczony fragment usuwa się klikając prawym przyciskiem myszki. Z jednej strony to rozwiązanie bardzo poręczne i szybkie. Z drugiej - naraża czasami na przypadkowe skasowanie czegoś przez przypadkowe kliknięcie klawiszem myszki. Na szczęście w programie znajduje się opcja Cofnij (chociaż szczerze mówiąc byłbym zdziwiony gdyby jej nie było), która potrafi naprawić naszą przypadkowość. Odnośnie samego mechanizmu zaznaczania to ma on charakter obszarowy (co znajdzie się w utworzonym przez nas prostokącie to jest zaznaczone) i mam do niego sporo zastrzeżeń. Czasami trudno jest zaznaczyć coś precyzyjnie, szczególnie jeśli cząsteczka jest skomplikowana. Szczególnie często zdarza się to dla uproszczonych wzorów strukturalnych, gdzie wiązania wchodzą na siebie bezpośrednio, bez atomów w węzłach. Bardzo często się zdarzało, że nie mogąc precyzyjnie zaznaczyć jakiegoś wiązania zaznaczałem dwa czy trzy obok, po czym usuwałem wszystko i rysowałem od nowa. Było to dość uciążliwe. Według mnie w programie brakuje jakiegoś składnego mechanizmu zaznaczania pojedynczych wiązań. Wprowadzenie takiego mechanizmu byłoby naprawdę pomocne. Szczególnie, ze obecnie większość wzorów rysuje się jednak w zapisie uproszczonym, a nie pełnym, a jak wcześniej zauważyłem, mechanizm zaznaczania najczęściej wtedy szwankuje. Bo w Chemtoolu naprawdę przyjemnie się rysuje wzory, tylko zaznaczanie niekiedy bywa męczące.

Interfejs Chemtool'a

Szablony

Należy wspomnieć że wśród przydatnych opcji ułatwiających rysowanie, w menu widoku oprócz standardowego Powiększ/Pomniejsz znajduje się także opcja centrowania, oraz siatka: prostokątna i rombowa. A ponieważ wśród możliwych do wyboru linii są też strzałki (z grotem lub półgrotem) to Chemtool nadaje się też do tworzenia schematów ideowych, np. technologii produkcji danego środka chemicznego czy też procesów reakcji następczych. Przy okazji napiszę (bo potem jeszcze zapomnę), że gdy przesuwamy/skalujemy część schematu z zaznaczonymi strzałkami, to kierunek/długość strzałek automatycznie się dostosowuje. Mała rzecz, a cieszy.

Oprócz rysowania, drugą ważniejszą rzeczą w konstruowaniu wzorów jest pisanie. W programie
Chemtool nie ma formatowania pisanego tekstu takiego jak biurowe procesory tekstu. Zamiast tego posługujemy się systemem który bym nazwał "pseudo-latex-owy". Wszystkie ważniejsze opcje pojawiają się w dymku po najechaniu kursorem na narzędzie tekstu. I tak:
-- indeks dolny konstruuje się za pomocą _
-- indeks górny konstruuje się za pomocą ^
-- tekst pogrubiony #
-- tekst pisany kursywą |
-- symbole greckie tworzy się poprzedzając literę łacińską symbolem @, np. alfa to @a, gamma to @c itd.
I tak np. CH3COO- należy zapisać jako CH_3COO^-
Szkoda, że formatowania nie da się przeprowadzać w grupach objętych nawiasami (jaw każdym razie nie znalazłem takiego sposobu). Bo tak np. chcąc napisać trzy litery pogrubione pod rząd należy przed każdą wstawić #.

Ważniejsze opcje chyba opisałem, inne widać na rysunku powyżej.
I w końcu została jeszcze ważna kwestia do omówienia, a mianowicie kwestia zapisu danych. Chemtool zapisuje pliki w swoim własnym formacie (co ciekawe, bez zdefiniowanego rozszerzenia), które są w istocie plikami tekstowymi z zapisem konfiguracji atomów i wiązań. Jednak takiego pliku nie da się dalej opublikować. Dlatego też dane należy wyeksportować. Eksportować dane można w następujących formatach: LaTeX, XFig, EPS, X Bitmap, SVG, MOL, EMF. Jeżeli używamy TeX-a do pisania prac to oczywistym jest wybór wyjścia LaTeX-owego. Gdy natomiast muszę opublikować wzory chemiczne w inny sposób, to najpierw eksportuje do XBitmap, a następnie za pomocą GIMP-a zapisuje plik jako .png lub .jpg, co umożliwia zobaczenie go wszędzie, jak również ewentualną edycję za pomocą innych programów.

Reasumując: Chemtool jest prosty w obsłudze i pozwala na tworzenie nawet bardzo skomplikowanych struktur chemicznych. Denerwuje nieco kwestia zaznaczania i kilka innych niedoróbek, ale to nie przysłania całościowych zalet programu. Szkoda tylko, że program nie pozwala na zapis efektu pracy w postaci normalnego jpg/png/tiff/bmp, tylko zmusza do pewnych zabiegów okrężnych. Zdanie kończące: kto szukał programu do wizualizacji 2D związków chemicznych to go właśnie znalazł.

Strona, domowa programu:
http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool

Artykuł ten, mojego autorstwa, został po raz pierwszy zamieszczony w czasopiśmie Dragonia Magazine

Chemia ogólna, cz. 2

2008-09-25T18:35:00.000+02:00

Kationy - analiza grupowa, część 1
Kationy - analiza grupowa, część 2

Chemia ogólna, cz. 1

2008-09-25T18:32:00.000+02:00

Aniony - analiza grupowa

Witaj świecie!

2008-09-25T02:52:00.003+02:00

The start!

Karol Kozioł

Czy forkowanie repozytoriów openSUSE ma sens?

Numeracja przeglądarek WWW - zmiany na przestrzeni lat

Zamiana wzorów LaTeX-a na obrazki: KLatexFormula i EqualX

KLatexFormula

EqualX

Podgląd dokumentu w rozwojowej wersji Kile

Google-Doodle ku czci Stanisława Lema

Rozszerzenie 'Download Assistant' dla Google Chrome

Przeglądarkowe testy HTML5

3 ciekawe aplikacje, cz. 1

WatchVideo

UMPlayer

Twindy

Kile 2.1 wydane

Tworzenie wykresów naukowych za pomocą GLE, cz. 2

Czas na błędy

Więcej o poleceniu key

Polecenie let

Manipulacja danymi - manip

Słowo na zakończenie

Odnośniki

Tworzenie wykresów naukowych za pomocą GLE, cz. 1

Czym jest GLE?

Pierwszy wykres

Poprawianie wykresu

Więcej danych

Więcej tekstu

Rodzaje wykresów i style linii

LaTeX vs Word

LaTeX tricks

Z serii "amerykańscy naukowcy odkryli..."

Linux dla chemika, cz. 5 - Kalzium

Kalzium - chemiczny scyzoryk

Dragonia Magazine nr 37

Podział naukowców (w naukach ścisłych)

Google Chrome 5 Final i 6.0 Dev

Nr 36 (specjalny) Dragonii Magazine

Rekonq 0.4

Krótki wpis dnia 08.03.2010

Testowanie wersji rozwojowej Google Chrome 5.0

Nr 35 Dragonii Magazine

112 = Kopernik - już oficjalnie

Linux dla chemika, cz. 4 - SketchEl

Ściąganie wykładów z sieci za pomocą programu wget

Usuwanie komentarzy z plików TeX za pomocą programu sed

Numer 34 Dragonii Magazine na Święta

Rekonq 0.3

Lenovo Ideapad Y530 i SUSE Linux

Numer 33 Dragonii Magazine

Krótki wpis dnia 04.07.2009

Linux dla chemika, cz. 3 - Jmol

Dlaczego lubię Konquerora jako przeglądarkę WWW?

Writer2LaTeX - konwersja plików ODT do TEX

Krótki wpis dnia 05.06.2009

Karta jako oddzielny proces - Webbie

3 sposoby na niestandardowe ścieżki programów wykonywalnych

Zmiany w repozytoriach KDE4 dla openSUSE

Konwersja plików tekstowych z Windows do Linuksa - problem końca linii

Sterownik NVIDII 180.51

Wersja gamma...

Błędy w QT 4.5

Kolejny sterownik NVIDII - 180.44

10 dróg do gładkiego przejścia na Linuksa

Gluon - biblioteka KDE dla gier 2D

Test szybkości przeglądarek linuksowych

Kile 2.1

Zamiana wzorów LaTeX-a na obrazki: Ekee i Laeqed

Angielski dla chemika kwantowca

Linux dla chemika, cz. 2 - SciDAVis

Po co i dla kogo?

Co SciDAVis potrafi?

Jak to zrobić? Czyli krok po kroku.

Dane

Analiza danych

Podsumowanie

Alternatywy (4)

Linux dla chemika, cz. 1 - Chemtool

Chemia ogólna, cz. 2

Chemia ogólna, cz. 1

Więcej o poleceniu `key`

Polecenie `let`

Manipulacja danymi - `manip`