2009-07-04

Linux dla chemika, cz. 3 - Jmol

Jmol jest programem to wizualizacji 3D cząsteczek chemicznych. Nie służy on do tworzenia plików cząstek (i nie potrafi ich konwertować) ale za to potrafi otworzyć prawie każdy format pliku cząstek chemicznych.

Jmol jest programem napisanym w Javie, tak więc jest programem wielosystemowym (Linux, Widmows, MacOS). Istnieje jako samodzielna aplikacja, a także jako aplet do umieszczenia na stronie WWW.


Możliwości programu:
  • Otwiera pliki cząstek w formatach: CIF/mmCIF, CML, CSF, CTFile, GAMESS, Gaussian 94/98/03 output, Ghemical, HIN/HIV, Jaguar, MM1GP, MOL, MOLPRO, MOPAC 93/97/2002 output, NWCHEM, odydata, PDB, QOUT, SDF, SHELX, SMOL, spinput, xodydata, XYZ/XYZ+vib/XYZ-FAH.
  • Ładnie renderuje cząstki :-)
  • Pokazuje animacje i drgania (np. z plików .log Gaussiana)
  • Potrafi mierzyć odległości i kąty między atomami
  • Eksportuje pliki cząstek do formatów graficznych: .jpg, .png, .ppm, .pdf lub do formatu PovRay
  • Posiada dużo opcji wizualizacyjnych: zmiana postaci wyświetlania atomów i wiązań (kulki, linie, sfery van der Waalsa, wstążki dla biomolekuł, różne kolorystyki), dodawanie boksu i osi, pokazywanie etykiet, rotacja, skalowanie, etc.
  • Własny język skryptowy
  • Wsparcie dla publikacji cząsteczek chemicznych na stronie WWW (nie korzystałem z tego)

Program jest dość ciekawy, chociaż długo się włącza (i dość długo ładuje cząsteczki).

Na koniec dwa obrazki:





Strona domowa programu: http://jmol.sourceforge.net/
Strona wiki: http://wiki.jmol.org/index.php/Main_Page