2010-01-17

Linux dla chemika, cz. 4 - SketchEl

Kiedyś pisałem o programie Chemtool; dzisiaj chciałbym napisać dwa zdania o podobnym programie do rysowania struktury 2D związków chemicznych, tj. o SketchEl.

SketchEl jest programem napisanym w Javie. Po ściągnięciu archiwum jar ze strony domowej programu, uruchamiamy go poleceniem:

java -jar SketchEl-1.47.jar


Program wygląda jak na obrazku poniżej.




SketchEl oczywiście umożliwia w wygodny sposób narysowanie cząsteczki (lub zbioru cząstek) - mamy do wyboru linie odpowiadające różnym wiązaniom (w tym wiązaniom wychodzącym przed i za płaszczyznę), opcje usuwania, przesuwania i rotowania atomów i wiązań, dodawanie ładunków do atomów, dodawanie tekstu, prosta baza szkieletów cząstek. Czyli wszystko to co być powinno. SketchEl intensywnie używa wszystkich trzech przycisków myszy oraz skrótów klawiaturowych, więc warto skierować kursor myszki na daną ikonkę na pasku narzędziowym i poczytać podpowiedzi (niestety program istnieje w wersji angielskiej).

Ciekawe w SketchEl są opcje dotyczące stereochemii związków organicznych. Program potrafi więc:
  • Oznaczyć centra chiralności (opcja z menu Stereochemistry->Show Stereo Labels);
  • Zmienić stereochemię centrów chiralnych na odwrotną (opcja z menu Stereochemistry->Invert Stereochemistry);
  • Zmienić stereochemię centrów chiralnych na "tylko prawoskrętną" (opcja z menu Stereochemistry->Set R/Z) lub "tylko lewoskrętną" (opcja z menu Stereochemistry->Set S/E); przy czym przy tych opcjach program automatycznie dopasowuje nam oznaczenia płaszczyznowe wiązań.
Jeżeli chodzi o opcje zapisu wyników rysowania, to SketchEl posiada własny format plików o rozszerzeniu EL, ale potrafi też eksportować cząsteczki do formatów chemicznych MDL i CML oraz do formatów graficznych PNG, SVG i ODG.