2010-12-11

LaTeX tricks

Kilka przydatnych sztuczek z LaTeX-em. Umieszczam tutaj, bo jak będę potrzebował to znów będę musiał szukać po plikach albo po sieci...

2010-06-14

Linux dla chemika, cz. 5 - Kalzium

Kalzium - chemiczny scyzoryk

Gdyby jednym zdaniem spróbować opisać program Kalzium należałoby przedstawić go jako elektroniczny układ okresowy pierwiastków (w skrócie UOP). Jednak owo stwierdzenie jest tylko półprawdą. Kalzium, pierwotnie stworzony z myślą o byciu po prostu układem okresowym zawierającym podstawowe informacje o pierwiastkach, rozwinął się w wielozadaniowe narzędzie informacyjne dla chemika, taki chemiczny scyzoryk.


Rys. 1 - Główne okno programu Kalzium

2010-06-10

Dragonia Magazine nr 37

08.06.2010 został wydany kolejny numer darmowego czasopisma o tematyce open source – Dragonii Magazine.

Team Dragonia Magazine wydał kolejny, już 37 numer swojego pisma. Zapraszamy do pobrania, przeczytania i podzielenia się uwagami na naszym forum.

W numerze:
Przyspieszone wprowadzenie do Solarisa, informacje o PC-BSD, PCLinuxOS oraz CAELinux, dystrybucji przeznaczonej dla inżynierów i naukowców. Obok ciekawego felietonu mamy interesujący artykuł o optymalizacji firewalla. Świat nie tylko Linuksem stoi, więc dla użytkowników dominującego na biurkach systemu mamy artykuł jak sobie ułatwić życie korzystając z Subversion i sympatycznego programu TortoiseSVN.
To nie wszystko. Na deser mamy jeszcze artykuły o p2m oraz CAD i GIS pod Linuksem.

Numer można pobrać z działu Download.

Zapraszamy do lektury.

Redakcja

2010-06-03

Podział naukowców (w naukach ścisłych)

Pisząc krótko, naukowcy w naukach ścisłych* dzielą się na następujące typy (podział jest nieco humorystyczny):

  1. Myśliciel-filozof - Zastanawia się "Co by było gdyby..." lub "Dlaczego...?". Gdy już znajdą odpowiedzi na te pytania, to przy okazji powstają nowe teorie, np. teoria grawitacji lub mechanika kwantowa. Ich ulubioną bronią jest Gedankenexperiment.

  2. Matematyk-futurysta - Tworzy nowe gałęzie matematyki, po to by udowodnić, że jeśli nasz Wszechświat ma kształt 24-wymiarowego torusa zawiniętego w kształt precla bawarskiego to da się wyjaśnić anomalie w prędkości sond Voyager.

  3. Programista - Cieszy się gdy za pomocą trików na jakiśtam wielowymiarowych macierzach uda mu się uprościć obliczenia korelacji elektronowej z rzędu ~n8 do rzędu ~n5ln2.

  4. Praktyk - Takich jest najwięcej. Prowadzą doświadczenia lub je interpretują. Potrafią zrobić w odpowiednich proporcjach kogiel-mogiel ze związków których nazwy mają po kilkaset znaków lub wyjaśnić co znaczy ten maleńki pik na widmie.


* Raczej zawężam się tu do fizyki i chemii, czyli do nauk określanych angielskim terminem fundamental science.

2010-05-27

Google Chrome 5 Final i 6.0 Dev

Świat ekscytuje się wydaniem wersji finalnej Google Chrome 5.0, a ja mam już wersję deweloperską 6.0! Większych zmian w porównaniu do wersji 5.0 nie stwierdzono (drobne zmiany w interfejsie paska narzędziowego i pewnie poprawki błędów).

2010-04-13

Nr 36 (specjalny) Dragonii Magazine

Dziś został wydany kolejny numer darmowego czasopisma o tematyce open source – Dragonii Magazine. Tym razem jest to numer specjalny. Przeczytamy w nim pełną historię “od A do Z” wdrożenia oprogramowania Open Source w szpitalu. Zachęcamy wszystkich do zapoznania się z tym numerem szczególnie informatyków/administratorów ze szpitali i urzędów.

Z wstępniaka:

Drodzy Czytelnicy

Oddajemy w Wasze ręce kolejny numer specjalny. Ten nie dosc, ze jest poswiecony jednemu tematowi, to jeszcze jest popełniony przez jednego autora – Piotra Smolenia, którego miło nam gościć na naszych łamach.

Bieżący numer to studium przypadku, czyli historia wdrożenia otwartozródłowego oprogramowaniaw dużym szpitalu wojewódzkim, w części serwerowej. Innymi słowy, jak zapanować nad użyszkodnikami, sprzętem i oprogramowaniem nie mając na to góry pieniędzy, by w efekcie zmienić „młyn” w sympatyczną pracę. Przeczytamy także o niezmiernie ważnym elemencie każdego wdrożenia, tzw. części miękkiej – jak przekonać lub zmusić użytkowników do korzystania z „nowego” lub „po nowemu”. A także ile za komfort zmuszenia ich trzeba zapłacić.

Aplikacje, których nazwy przewina się w treści, są w większości powszechnie znane. Z tymi mniej znanymi warto się zapoznać. Jak przekonamy się, spięcie wielu aplikacji w jedna spójna całość jest nie tylko możliwe, ale znakomicie ułatwia prace tak użytkownikom (jedno hasło), jak i administratorom.

Zapraszam do zatopienia się w pasjonującej opowieści – jak w chaosie pojawiła się wizja normalności oraz jak i z jakim trudem te normalność wprowadzano.

Miłej lektury!

Tomasz Łuczak

zastępca redaktora naczelnego


Numer można pobrać z działu Download.

2010-03-15

Rekonq 0.4

Dnia 12.03.2010 ukazała się wersja 0.4 przeglądarki Rekonq1. O przeglądarce tej pisałem już wcześniej, więc gwoli przypomnienia - Rekonq jest przeglądarką WWW opartą o Qt oraz silnik WebKit. Często porównywana jest do Google Chrome, ze względu na minimalistyczny interfejs (m.in. brak paska menu) oraz podobny wygląd ekranu startowego. Jednakże, i zgodnie z nazwą, Rekonq obficie korzysta z mechanizmów i elementów interfejsowych KDE SC (wystarczy chociażby spojrzeć na okno ustawień).

Wśród nowości pojawiających się w wersji 0.4 (w porównaniu do wersji 0.3) wymienić należałoby:

  • Obsługa Portfela KDE - KWallet (co ma też swoje wady, które uświadamia się posiadając np. dwa konta Google)

  • Integracja z KGet

  • Obsługa AdBlocka (na razie można tylko manualnie dodawać odpowiednie filtry albo, co jest wygodniejsze, zaimportować jakieś filtry z Firefoksowego AdBlocka)

  • Wsparcie dla protokołu ftp://

  • A także: poprawki w ekranie startowym, w trybie pełnoekranowym; poprawa stabilności...


Wśród wad można wymienić przede wszystkim jeszcze niewystarczającą stabilność oraz... brak wtyczek (ostatnio mam wrażenie, że tylko przeglądarki obsługujące wtyczki mają szansę na sukces - vide Firefox i Google Chrome). Jednakże Rekonq rozwija się dość szybko (chyba szybciej niż Arora), więc może kiedyś2 zastąpi w KDE sztandarowego Konquerora.


1 Tak więc jak widać wpis jest opóźniony o kilka dni :-)
2 Ale pewnie dopiero w okolicy KDE 5 ;-)

2010-03-08

Krótki wpis dnia 08.03.2010

Po pierwsze - Jeśli komuś po aktualizacji KDE SC z wersji 4.4 Beta do wersji finalnej 4.4 padły funkcje pulpitu semantycznego Nepomuk (wyszukiwanie plików, tagowanie itd.) to radzę skonwertować bazę danych Virtuoso z wersji 5 do wersji 6 za pomocą programu virtuosoconverter (w OpenSUSE znajduje się on w pakiecie nepomuk-virtuoso-converter).

Po drugie - Znalazłem ciekawy plugin do przeglądarki Google Chrome, który integruje ją z Google Bookmarks. GBX (dostępny pod tym adresem) tworzy na pasku zakładek Chrome dodatkowy folder w którym znajdują się zakładki z GBookmarks (synchronizowane co 5-30 minut). Dodatkowo na pasku adresu, z jego prawej strony (gdyż po lewej jest już jedna gwiazdka), pojawia się dodatkowa gwiazdka odpowiedzialna za dodawanie zakładek do GBookmarks.

2010-02-27

Testowanie wersji rozwojowej Google Chrome 5.0

Ostatnio intensywnie testuję (tzw. używam jako podstawowej przeglądarki) Google chrome w wersji rozwojowej 5.0 (a wcześniej także intensywnie testowałem 4.0 - vide mój artykuł w 35 numerze Dragonii Magazine). Większość stron, które w wersji 4.0 beta wyświetlały się błędnie wyświetla się teraz dobrze. Synchronizacja zakładek działa dobrze. Rozszerzeń ciągle przybywa (ostatnio próbuję się jeszcze bardziej zintegrować z Google Bookmarks za pomocą tego rozszerzenia).

Tylko niech nikt mi nie wmawia, że Chrome jest "niedobre" bo szpieguje użytkownika.

2010-02-23

Nr 35 Dragonii Magazine

Dzisiaj został wydany 35 numer Dragonii Magazine - e-zinu poświęconego tematyce Wolnego i Otwartego Oprogramowania.

Z wstępniaka:
Na Śląsku dzieje się! W Tarnowskich Górach rokrocznie we wrześniu mamy Gwarki - wspaniała feta z królem Janem III Sobieskim z Marysieńką, z Goethem i wieloma innymi znamienitymi postaciami z historii, na które Was już teraz zapraszamy. Zimą zaś, oprócz śniegu i mrozu, mieliśmy imprezy wolnego oprogramowania. Mamy nadzieję, że będą organizowane w coraz większej liczbie miejsc. My zaś będziemy im z przyjemnością patronować i o nich Wam donosić. Na razie poczytajcie co się działo.

Zapracowanym administratorom zdecydowanie polecamy artykuł o GLPI, w którym znajdziemy podpowiedź jak ułatwić ewidencjonowanie sprzętu i materiałów eksploatacyjnych w firmie oraz jak stworzyć bazę wiedzy i system zgłoszeń od użytkowników.

W numerze pierwszy artykuł z serii o Solarisie, podstawy PyQt4 i ciąg dalszy PHP, tyle że teraz już obiektowo. Polecamy artykuł o Sweet Home 3D - czyli jak się zrujnować pokazując go żonie. Są także plusy - przestaniecie na jakiś czas męczyć wzrok przy komputerze a zaczniecie rozwijać tężyznę fizyczną przy przestawianiu mebli.

Ponadto w numerze przeczytajcie o oprogramowaniu do kontroli rodzicielskiej, może warto je było uruchomić dla żony wcześniej? Czy Google Chrome jest tym, czego mi potrzeba? Przeczytajcie artykuł i odpowiedzcie sobie sami. Vim ma się dobrze, ale czy potrafimy z niego wyjść bez generowania pseudolosowego ciągu znaków? Po lekturze artykułu ten złośliwy kawał przestanie być aktualny. Na koniec porównanie paneli sterowania: YAST przeciw Madriva Control Center.

Redakcja Dragonia Magazine


W numerze:
    • SYSTEM
    • Przyśpieszone wprowadzenie do Solarisa cz.1
    • YaST vs. Mandriva Control Center
    • ROZMAITOŚCI
    • Tarnogórskie ImprezyWolnego Oprogramowania
    • SOFTWARE
    • Google Chrome – czy jest to przeglądarka dla mnie?
    • Kontrola rodzicielska w systemach GNU/Linux
    • Wnętrze Twego domu – Sweet Home 3D
    • GLPI
    • O Vim słów kilka
    • PROGRAMOWANIE
    • Podstawy tworzenia aplikacji desktopowych z PyQt4
    • Kurs PHP – cz. 5
    • LITERATURA
    • Książki wydawnictwa PWN
    • Książki wydawnictwa HELION

Numer można pobrać z działu Download

2010-02-21

112 = Kopernik - już oficjalnie

Dnia 19 lutego 2010 Międzynarodowa Unia Chemii Czystej i Stosowanej (IUPAC) oficjalnie nazwała Pierwiastek 112 nazwą Copernicium (symbol Cn), od nazwiska polskiego astronoma Mikołaja Kopernika.

Komunikat dostępny jest tu: http://www.iupac.org/web/nt/2010-02-20_112_Copernicium

2010-01-17

Linux dla chemika, cz. 4 - SketchEl

Kiedyś pisałem o programie Chemtool; dzisiaj chciałbym napisać dwa zdania o podobnym programie do rysowania struktury 2D związków chemicznych, tj. o SketchEl.

SketchEl jest programem napisanym w Javie. Po ściągnięciu archiwum jar ze strony domowej programu, uruchamiamy go poleceniem:

java -jar SketchEl-1.47.jar


Program wygląda jak na obrazku poniżej.


2010-01-13

Ściąganie wykładów z sieci za pomocą programu wget

Niektóre instytucje naukowe umieszczają w sieci różnej treści wykłady z różnych, ciekawszych lub mniej ciekawych, dziedzin. A skoro umieszczają to publicznie, to można je sobie na własny użytek ściągnąć. Pół biedy kiedy to jest jeden czy dwa pliki, to je można "ręcznie" pobrać. Gorzej jest jeśli natrafimy na prawdziwą kopalnię wiedzy i chcemy ściągnąć dwadzieścia lub więcej plików. Wtedy z pomocą przychodzi nam dobrze znany wszystkim program wget.

Przykład 1. Załóżmy, że chcemy ściągnąć wykłady zapisane w plikach PDF i PPT rozmieszczone w odpowiednich katalogach (np. z podziałem na lata). Uruchamiamy wtedy ściąganie poleceniem:


wget -r -H -l 2 -A pdf,ppt -np http://jakiśtamserwer/


gdzie opcja -r oznacza oczywiście ściąganie rekurencyjne, -H zabranie przechodzenia między hostami w trakcie podążania przez wget między odnośnikami, -l 2 określa 2 poziom podążania przez wget między odnośnikami (należy go dobrać odpowiednio do struktury ułożenia danych które chcemy ściągać, aby nie ściągnęło się nam pół strony uczelni), -A pdf,ppt określa tylko jakie pliki chcemy ściągnąć, zaś opcja -np zabrania przechodzenia do wyższych poziomów hierarchii plików niż ta startowa w trakcie podążania przez wget między odnośnikami.

Przykład 2. Wykład istnieje w postaci pliku HTML z obrazkami i ewentualnymi odnośnikami.


wget -r -H -l 1 -k -np http://jakiśtamserwer/plik.html


Opcje w większości są takie same - opcja -k odpowiada za konwersję odnośników tak by wskazywały na dopiero co ściagnięte pliki lokalne. Parametr -l należy oczywiście dobrać odpowiednio ostrożnie.

Inne programy które mogą być pomocne to: aria2 (nie oferuje pobierania rekurencyjnego ale umożliwia pobieranie wielu plików na raz) i pavuk (oferuje ściąganie rekurencyjne, ale go za dużo nie testowałem).

2010-01-03

Usuwanie komentarzy z plików TeX za pomocą programu sed

Ostatnio miałem dość duży plik LaTeX-a z mnóstwem komentarzy które musiałem usunąć. Usunięcie komentarzy ręcznie wprawdzie jeszcze wchodziło w grę (w końcu plik miał tylko ponad 2000 linii, z czego - jak się później okazało - połowa to były komentarze), ale poszperałem tu i ówdzie i postanowiłem zaprząść do pracy program sed. Problem nie był wcale taki prosty jak mi się na początku wydawało (biorąc pod uwagę różne możliwe ułożenia znaku % w kodzie i różne jego znaczenia), ale w końcu chyba udało mi się go kompletnie rozwiązać.

Dla potrzebujących prezentuję kod (zapisany w skrypcie o nazwie delcom.sed):

/^%/d
s/\\\\\\%/\\\\\\@#per#@/g
s/\\\\%.*/\\\\/g
s/\\\\%*/\\\\/g
s/\\%/\\@#per#@/g
s/%.*$//g
s/%*$//g
s/\\@#per#@/\\%/g


Skrypt taki uruchamiamy poleceniem
sed -f delcom.sed plik1.tex > plik2.tex

Dla ciekawskich omówię poszczególne linie skryptu. Linia pierwsza usuwa komentarze zaczynające się na początku wiersza (to była najprostsza część konstruowania skryptu). Linia druga zabezpiecza sekwencje znaków \\\% (czyli przejście do nowej linii i znak procenta) zamieniając w kodzie LaTeX-a znak % na trudną do uzyskania w normalnym tekście sekwencję znaków @#per#@. Linia trzecia i czwarta usuwają komentarze które zaczynają się tuż za znakiem \\ (tzn. sekwencja znaków \\%), komentarze odpowiednio z co najmniej jednym znakiem oraz komentarze puste. Linia piąta, podobnie jak linia druga, zabezpiecza znak procenta który ma się ukazać w tekście (zamienia \% na \@#per#@). Linie szósta i siódma usuwają komentarze zaczynające się od znaku % i idące do końca linii (j.w. - komentarze z co najmniej jednym znakiem i komentarze puste). Linia ósma odbezpiecza znaki procenta które nie były komentarzami i miały ukazać się w tekście.

Jak na razie skrypt sprawdza się. I oby było tak zawsze.